【佳學(xué)基因檢測(cè)】侖伐替尼在腎臟癌基因檢測(cè)后的療效

靶向藥物基因檢測(cè)導(dǎo)讀：

自從基于基因檢測(cè)結(jié)果的靶向藥物進(jìn)入臨床應(yīng)用以后，免疫檢查點(diǎn)阻斷療法改善了患有各種類型惡性腫瘤的癌癥患者的臨床治療結(jié)果，包括黑色素瘤、肺癌、淋巴瘤、結(jié)直腸癌、腎細(xì)胞癌 (RCC) 等。 用抗 PD-1 或抗 PD-L1（程序性細(xì)胞死亡配體 1）抗體（例如帕普利珠單抗、度伐利尤單抗、阿維單抗 或 納武單抗）阻斷程序性細(xì)胞死亡 1 (PD-1) 軸可以重振 T 細(xì)胞并促進(jìn) 抗腫瘤免疫。 細(xì)胞毒性 T 細(xì)胞識(shí)別和靶向由主要組織相容性復(fù)合體 (MHC) 分子呈遞的新抗原有助于消除呈遞它們的癌細(xì)胞。 抗PD1/PD-L1單藥療法現(xiàn)已獲得美國(guó)食品藥品監(jiān)督管理局（FDA）批準(zhǔn)用于多種癌癥； 然而，大多數(shù)患者并未受益，需要更好的基于免疫療法的治療。 PD-L1 陽(yáng)性、腫瘤突變負(fù)荷、微衛(wèi)星不穩(wěn)定性和 T 細(xì)胞浸潤(rùn)等特征可以通過(guò)腫瘤850正確用藥基因檢測(cè)進(jìn)行明確，具有多種識(shí)別對(duì)免疫檢查點(diǎn)阻斷療法治療有反應(yīng)的患者的能力。

在晚期腎細(xì)胞患者中，抗 PD-1 單藥療法在 nivolumab 與依維莫司 (CheckMate 025) 的隨機(jī) III 期臨床試驗(yàn)中改善了總生存期。 然而，反應(yīng)率僅為 25%，大多數(shù)患者均未從任何一種治療中獲益。 為了進(jìn)一步改善結(jié)果，已投入大量精力開(kāi)發(fā)基于抗 PD-1 骨架的免疫療法聯(lián)合方案。 一種有前途的策略是將多酪氨酸激酶抑制劑 (TKI) 與免疫檢查點(diǎn)阻斷療法結(jié)合使用。 例如，已經(jīng)表明，VEGF 可以直接抑制 T 細(xì)胞活性，影響淋巴細(xì)胞和抗原呈遞細(xì)胞 (APC) 的成熟和分化，調(diào)節(jié)血管生成，調(diào)節(jié)淋巴細(xì)胞運(yùn)輸。 在隨機(jī) III 期臨床試驗(yàn)中，與舒尼替尼相比，多激酶抑制劑阿西替尼和抗 PD1/PD-L1 療法的組合已證明與 TKI 單一療法相比可改善無(wú)進(jìn)展生存期。 然而，這種策略的潛力遠(yuǎn)未實(shí)現(xiàn)，并且大多數(shù)基于免疫療法的聯(lián)合方案都沒(méi)有有效的生物標(biāo)志物。 事實(shí)上，PD-L1 定量似乎失去了聯(lián)合免疫治療方案的預(yù)測(cè)能力。

侖伐替尼是一種靶向 VEGFR1-3、FGFR1-4、PDGFRα、Ret 和 Kit 的多受體 TKI。侖伐替尼和 everolimus 的組合被批準(zhǔn)用于治療在一種 VEGF 靶向治療后進(jìn)展的晚期腎臟癌； 侖伐替尼也正在研究與帕普利珠單抗聯(lián)合治療多種惡性腫瘤。 阻斷多種酪氨酸激酶和 PD-1 的聯(lián)合療法開(kāi)始顯示出非凡的前景。佳學(xué)基因腫瘤用藥基因解碼基因檢測(cè)記錄并分享了使用帕普利珠單抗加帕博利珠單抗治療腎臟癌患者的高臨床療效及其基因檢測(cè)結(jié)果相關(guān)性。

佳學(xué)基因腎臟癌腫瘤基因檢測(cè)是如何對(duì)待基因檢測(cè)樣本的？

使用 Quant-iT PicoGreen dsDNA 分析（ThermoFisher 目錄#P11496）測(cè)量樣品數(shù)量，同時(shí)使用 TapeStation D1000 ScreenTape（安捷倫目錄#5067-5582）評(píng)估質(zhì)量。 在使用 Agilent 2100 Bioanalyzer Instrument® 進(jìn)行 PicoGreen 定量和質(zhì)量控制后，使用 KAPA Hyper Prep Kit (Kapa Biosystems KK8504) 使用 144–500 ng DNA 和 8–12 個(gè) PCR 循環(huán)來(lái)制備文庫(kù)。 樣品條形碼編碼后，根據(jù)產(chǎn)品使用說(shuō)明書(shū)，使用 SureSelectXT 人類全外顯子 V4（安捷倫產(chǎn)品目錄 #5190-4632）通過(guò)雜交捕獲 95–500 ng 文庫(kù)。 捕獲后文庫(kù)的 PCR 擴(kuò)增進(jìn)行了 8 個(gè)循環(huán)。 然后使用 HiSeq 3000/4000 SBS Kit 或 HiSeq Rapid SBS Kit v2 (Illumina®) 在 HiSeq 4000 或 HiSeq 2500 上以快速模式以 100 bp/100 bp 或 125 bp/125 bp 雙端運(yùn)行運(yùn)行樣品 . 正常和腫瘤樣本分別被覆蓋到平均 118X 和 176X。

佳學(xué)基因腫瘤基因檢測(cè)中的拷貝數(shù)分析

使用 FACETS v0.5.6 進(jìn)行等位基因特異性拷貝數(shù)分析 (ASCN)。 除了常規(guī)輸出外，該工具還為每個(gè)腫瘤等位基因提供整數(shù) CN 值。 如果基因組片段的 CN 狀態(tài)不同于 2:1（即兩個(gè)總拷貝，每個(gè)等位基因一個(gè)），則它們被定義為已改變。 賊后，通過(guò)用總基因組長(zhǎng)度歸一化所有 CN 改變片段的長(zhǎng)度來(lái)計(jì)算非二倍體基因組的分?jǐn)?shù)。
 

佳學(xué)基因腫瘤正確用藥基因檢測(cè)中的HLA-I 基因分型和患者平均 HED 的計(jì)算

使用 WES 數(shù)據(jù)對(duì)血液來(lái)源的 DNA 進(jìn)行 HLA-I 基因分型。 Polysolver 是一種先前經(jīng)過(guò)驗(yàn)證的工具，使用默認(rèn)參數(shù)設(shè)置來(lái)識(shí)別個(gè)體的 HLA I 類等位基因。 在特定基因座（即 HLA-A、HLA-B 和 HLA-C）具有兩個(gè)不同等位基因的患者被認(rèn)為是該基因座的雜合子，而被發(fā)現(xiàn)具有六個(gè)不同 HLA I 類等位基因的個(gè)體被認(rèn)為是 HLA-I有效雜合子。

如 Pierini 和 Lenz 所述計(jì)算 HLA 進(jìn)化分歧 (HED)。 這種方法涉及提取每個(gè) HLA I 類等位基因的外顯子 2 和 3（即肽結(jié)合域所在的位置，從 Ensembl 數(shù)據(jù)庫(kù)獲得）和從 ImMunoGeneTics/HLA 數(shù)據(jù)庫(kù)檢索相應(yīng)的蛋白質(zhì)序列。 在兩個(gè) HLA 等位基因比對(duì)后，計(jì)算每對(duì)相應(yīng)氨基酸的 Grantham 距離度量。 該值表示基于它們的物理化學(xué)特性（即組成、極性和體積）的成對(duì)距離。 然后用序列的長(zhǎng)度對(duì)氨基酸距離的總和進(jìn)行歸一化。 結(jié)果值（即 HED）表示兩個(gè) HLA 等位基因之間功能差異的量度。 賊后，對(duì)三個(gè) HLA-I 基因座中的每一個(gè)的值進(jìn)行平均并報(bào)告為“平均 HED”。

腫瘤基因檢測(cè)對(duì)侖伐替尼臨床治療效果的影響

PD-1 軸/多激酶阻斷聯(lián)合療法構(gòu)成了 RCC 和其他癌癥賊有希望的治療策略之一，監(jiān)管部門(mén)批準(zhǔn)將多 PD-1 軸/多激酶方案作為一線治療。 先前的研究報(bào)道，這些激酶的一些配體，如 VEGF，可以直接抑制 T 淋巴細(xì)胞的成熟和活性，并導(dǎo)致淋巴細(xì)胞和抗原呈遞細(xì)胞 (APC) 的去分化。 此外，已顯示透明細(xì)胞腎臟癌腫瘤顯示高度的血管生成信號(hào)傳導(dǎo)，在很大程度上由增加的 VEGF 通路活性介導(dǎo)。 將這些發(fā)現(xiàn)外推到全身治療環(huán)境，為樂(lè)伐替尼/派姆單抗組合所證明的額外抗腫瘤功效提供了生物學(xué)基礎(chǔ)，并為研究對(duì)這些基于 ICB 的療法產(chǎn)生反應(yīng)的生物標(biāo)志物提供了工作模型。

在我們的隊(duì)列中進(jìn)行了基因組分析，以探索在這種情況下對(duì)基于免疫檢查點(diǎn)阻斷療法 的療法產(chǎn)生反應(yīng)的新興生物標(biāo)志物的重要性，我們的發(fā)現(xiàn)與之前的報(bào)告基本一致。 與之前的研究一致，我們的結(jié)果未能證明 TMB 與該隊(duì)列中對(duì)基于免疫檢查點(diǎn)阻斷療法的聯(lián)合治療的反應(yīng)之間存在顯著關(guān)聯(lián)。 盡管 TMB 已被證明是許多不同實(shí)體瘤對(duì)免疫檢查點(diǎn)阻斷療法治療反應(yīng)的有用預(yù)測(cè)指標(biāo)，但這些發(fā)現(xiàn)尚未在腎臟癌中得到概括，并且這些觀察結(jié)果背后的生物學(xué)基礎(chǔ)仍有待闡明。

CD8+ T 淋巴細(xì)胞的抗原識(shí)別已成為一個(gè)特別感興趣的話題，因?yàn)樗谶m應(yīng)性免疫反應(yīng)的發(fā)展中具有公認(rèn)的作用。 T 細(xì)胞動(dòng)力學(xué)不僅直接涉及對(duì) ICB 治療的反應(yīng)，而且 T 細(xì)胞受體 (TCR) 庫(kù)已顯示因治療環(huán)境而異。 測(cè)序平臺(tái)現(xiàn)在允許以有用的分辨率評(píng)估腫瘤微環(huán)境中 CD8+ T 細(xì)胞的抗原特異性和克隆異質(zhì)性。 盡管 TCR 庫(kù)特征在預(yù)測(cè)對(duì)基于免疫檢查點(diǎn)阻斷療法的療法的反應(yīng)中的效用尚不清楚，但克隆 T 細(xì)胞群已被證明在免疫檢查點(diǎn)阻斷療法反應(yīng)者中發(fā)展，并且它們的存在與腫瘤新抗原耗竭有關(guān)。 值得注意的是，我們小組之前已經(jīng)證明 TCR 克隆性與 HLA I 類遺傳變異性和進(jìn)化差異直接相關(guān)，這些特征反過(guò)來(lái)可以預(yù)測(cè)一組晚期黑色素瘤患者的免疫檢查點(diǎn)阻斷療法治療反應(yīng)。 盡管由于技術(shù)限制未作為本研究的一部分進(jìn)行探索，但旨在進(jìn)一步闡明這些發(fā)現(xiàn)的研究工作應(yīng)考慮評(píng)估不同背景下 HED 和 TCR 曲目組成之間的關(guān)系。

探討了 PBRM1 基因功能喪失突變的作用，PBRM1 基因是透明細(xì)胞腎細(xì)胞中反復(fù)出現(xiàn)的分子特征。 據(jù)報(bào)道，截?cái)?PBRM1 變體與導(dǎo)致免疫檢查點(diǎn)阻斷療法耐藥的獨(dú)特非免疫原性腫瘤表型相關(guān)，以及與 IFN-γ 相關(guān)的表達(dá)程序相關(guān)，這些表達(dá)程序在免疫檢查點(diǎn)阻斷療法治療后促進(jìn)腫瘤清除。 關(guān)于 PBRM1 突變?cè)诿庖咧委煴尘跋碌淖饔靡泊嬖谙嗷ッ艿淖C據(jù)，研究尚未提供關(guān)于它們?cè)谶@種情況下的效用的確鑿證據(jù)。 與之前的報(bào)告類似，腫瘤基因解碼基因檢測(cè)的結(jié)果不支持 PBRM1 功能喪失突變與 侖伐替尼/pembrolizumab 治療后的臨床獲益之間存在顯著關(guān)聯(lián)。

綜上所述，腫瘤基因解碼基因檢測(cè)的數(shù)據(jù)表明，HLA-I 多樣性與多激酶和 PD1 阻斷聯(lián)合治療后無(wú)進(jìn)展間期延長(zhǎng)以及治療持久性相關(guān)。 關(guān)于預(yù)測(cè)對(duì)免疫檢查點(diǎn)阻斷療法的反應(yīng)所需的賊佳 HED 閾值仍然存在問(wèn)題，并且很可能像 TMB 一樣，將來(lái)需要對(duì)每種治療環(huán)境進(jìn)行優(yōu)化。