【佳學(xué)基因檢測(cè)】流產(chǎn)基因檢測(cè)的數(shù)據(jù)庫分析過程及術(shù)語介紹

婦產(chǎn)科基因檢測(cè)導(dǎo)讀

將流產(chǎn)胎兒的組織樣本送往采用數(shù)據(jù)庫比對(duì)技術(shù)的實(shí)驗(yàn)室進(jìn)行檢測(cè)分析（佳學(xué)基因可以采用數(shù)據(jù)庫比對(duì)分析和基因解碼分析）。采用基于全外顯子測(cè)序的雜合子變異檢測(cè)的的敏感性為98%，平均40×測(cè)序覆蓋率。致病性評(píng)估的分析流程采用國際公認(rèn)的方法進(jìn)行。成對(duì)的末端序列讀取被轉(zhuǎn)換成FASTQ格式，并與參考人類基因組匯編GRCh37/hg19一致(https://genome.ucsc.edu/). 在使用基因組分析工具包（GATK）和AnnoVar進(jìn)行變異注釋后，使用包括基因組聚合數(shù)據(jù)庫（gnomAD）在內(nèi)的數(shù)據(jù)庫對(duì)等位基因頻率和疾病引用進(jìn)行篩選，https://gnomad.broadinstitute.org/)、機(jī)構(gòu)內(nèi)部分析數(shù)據(jù)庫，ClinVar數(shù)據(jù)庫(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/)，OMIM數(shù)據(jù)庫(https://www.omim.org)和其他的電子版屬性。突變基因的突變頻率如果在在3%以上者排除在進(jìn)一步分析之外。

根據(jù)ACMG標(biāo)準(zhǔn)和指南，等位基因頻率<3%的變體分為致病性、可能致病性、不確定顯著性變體（VUS）、可能良性變體和良性變體。對(duì)于需要進(jìn)行分析的樣本，內(nèi)部規(guī)則應(yīng)用VUS有利致病性（VUSfp）的附加標(biāo)準(zhǔn)，主要包括罕見的錯(cuò)義良性變異率低的基因變異和鄰近的錯(cuò)義變異被報(bào)道為致病變異。這些VUSfp的其他有害影響

通過聚苯醚、篩分和計(jì)算機(jī)輔助設(shè)計(jì)（CADD）等分析工具進(jìn)一步分析。致病性、可能致病性和VUSfp被認(rèn)為是診斷價(jià)值的變體。VUSs和良性或可能的良性變異不在進(jìn)一步的分析范圍內(nèi)。Sanger驗(yàn)證了診斷值的變異排序。聚合酶鏈反應(yīng)（PCR）變體兩側(cè)的引物列于補(bǔ)充表S1中。純化后的PCR產(chǎn)物提交給耶魯大學(xué)DNA測(cè)序機(jī)構(gòu)進(jìn)行Sanger測(cè)序。變量注釋、過濾和分類方案如所示。
 

臨床實(shí)用性和遺傳病因?qū)W評(píng)估

通過致病基因檢出率（PGDR）來評(píng)估治療妊娠損失基因檢測(cè)的臨床應(yīng)用效果。簡(jiǎn)單地說，總的ADR是用具有檢出致病性突變的病例數(shù)與入分析的病例總數(shù)相除得到的。比較自發(fā)性流產(chǎn)組（胎死<20周）和死胎組（胎死≥20周）的致病基因檢出率，評(píng)估不同年齡組和不同孕期的致病基因檢出率。

致病性和導(dǎo)致妊娠損失的原因進(jìn)一步與OMIM內(nèi)基因的關(guān)系、遺傳模式和疾病種類進(jìn)行進(jìn)一步分析。