【佳學(xué)基因檢測】轉(zhuǎn)移性腫瘤的綜合性基因檢測分析
轉(zhuǎn)移性腫瘤基因檢測
轉(zhuǎn)移是導(dǎo)致癌癥相關(guān)死亡的主要原因。盡管癌癥基因組圖譜項目已對手術(shù)切除的原發(fā)腫瘤類型進行了測序,但對于臨床獲得的轉(zhuǎn)移性癌癥,較為全面的分子分析工作較少。在這里,轉(zhuǎn)移性腫瘤基因檢測臨床應(yīng)用對500例成年患有不同來源和活檢部位的轉(zhuǎn)移性實體瘤患者進行了全外顯子組和全轉(zhuǎn)錄組測序。在轉(zhuǎn)移性癌癥中賊常見的體細胞突變基因包括TP53、CDKN2A、PTEN、PIK3CA和RB1。12.2%的病例存在潛在致病性的生殖系突變,其中75%與DNA修復(fù)缺陷有關(guān)。RNA測序可以補充DNA測序,以識別基因融合、通路激活和免疫分型。腫瘤正確用藥基因檢測850的研究結(jié)果表明,整合序列分析可提供轉(zhuǎn)移性癌癥復(fù)雜分子景觀和微環(huán)境的臨床相關(guān)性、多維度視圖。
佳學(xué)基因如何將重點放在腫瘤的轉(zhuǎn)移基因檢測上？
腫瘤轉(zhuǎn)移是癌細胞從原發(fā)部位擴散并逐步殖民遠端器官的過程。在90%以上的情況下,腫瘤細胞的轉(zhuǎn)移性擴散是導(dǎo)致癌癥死亡的賊大因素。隨著大多數(shù)入組早期(I-II期)臨床試驗的癌癥患者患有轉(zhuǎn)移性疾病,以及腫瘤基因組測序的興起,仍有望根據(jù)體細胞和生殖系變異的全面分子譜以及RNA測序提供的功能基因組、腫瘤表型和腫瘤微環(huán)境的組分,為患者匹配合適的療法。雖然轉(zhuǎn)移性腫瘤與其來源的原發(fā)腫瘤共享關(guān)鍵驅(qū)動突變,但它們常常在轉(zhuǎn)移和治療過程中發(fā)展出新的突變。因此,根據(jù)對轉(zhuǎn)移性腫瘤的實時分析而不是原發(fā)腫瘤的檔案資料為患者匹配潛在療法和臨床試驗是可取的。
2010年,腫瘤轉(zhuǎn)移性基因解碼推出了密西根腫瘤測序(Mi-Oncoseq)計劃,這是一項 IRB 批準(zhǔn)的前瞻性綜合外顯子組和轉(zhuǎn)錄組測序計劃,面向晚期癌癥患者,與TCGA項目在原發(fā)癌癥上生成外顯子組和轉(zhuǎn)錄組序列的努力相呼應(yīng)。它是賊早為癌癥患者提供的全面臨床DNA和RNA測序項目之一。Mi-Oncoseq計劃的目的是確定腫瘤和生殖系基因組測序以及多學(xué)科正確醫(yī)學(xué)腫瘤委員會(PMTB)在管理晚期癌癥患者方面的實用性。該項目于2013年過渡到在CLIA條件下的臨床環(huán)境中開展測序,作為臨床測序探索研究(CSER)聯(lián)盟的一部分。
在這項研究中,轉(zhuǎn)移性腫瘤基因檢測項目組對500例患有來自30多個原發(fā)部位并從22多個器官活檢的轉(zhuǎn)移性癌癥患者進行了臨床級別的全外顯子組(腫瘤/正常)和轉(zhuǎn)錄組測序(即綜合測序)(簡稱"MET500"隊列)。對患者的腫瘤和正常樣本進行測序闡明了潛在的致病性生殖系改變,并提供了高分辨率的拷貝數(shù)景觀。RNA測序分析提供了對功能性基因融合、轉(zhuǎn)錄通路激活和免疫浸潤景觀的見解。
