人類白細胞抗原基因分型檢測體系技術(shù)標準
ICS 11.020 CCS C 50 WS/T 785—2021
- 前言
- 引言
- 1 范圍
- 2 規(guī)范性引用文件
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3 術(shù)語和定義
- IPD-IMGT/HLA數(shù)據(jù)庫 Immuno-Polymorphism Database (IPD
- 人類主要組織相容性復(fù)合物的DNA序列數(shù)據(jù)庫,包含經(jīng)世界衛(wèi)生組織HLA命名委員會命名的HLA等位基因序
- 基于直接測序的基因分型 sequence based typing,SBT
- 基于序列特異性引物的基因分型 sequence-specific primer,SSP
- 基于序列特異性寡核苷酸雜交的基因分型 sequence-specific oligonucleot
- 基因型 genotype
- 基因座 locus
- 擦拭檢測 wipe test
- 4 環(huán)境和設(shè)施要求
- 5 試劑耗材的采購和儲存
- 6 樣本的采集和處理
- 7 HLA基因分型檢測方法
- 8 質(zhì)量控制
- 9 檢測報告
- 10 記錄管理
- 11 問題和糾正措施
- 附錄A(規(guī)范性)擦拭檢測污染的監(jiān)測體系
- 參考文獻
人類白細胞抗原基因分型檢測體系 技術(shù)標準
Technical standard for human leukocyte antigen (HLA) genotypingWS/T 785—2021
2021-08-27發(fā)布2022-01-01實施
中華人民共和國國家衛(wèi)生健康委員會發(fā)布前言
本標準由國家衛(wèi)生健康標準委員會臨床檢驗標準專業(yè)委員會負責(zé)技術(shù)審查和技術(shù)咨詢,由國家衛(wèi)生健康委醫(yī)管中心負責(zé)協(xié)調(diào)性和格式審查,由國家衛(wèi)生健康委醫(yī)政醫(yī)管局負責(zé)業(yè)務(wù)管理、法規(guī)司負責(zé)統(tǒng)籌管理。
本標準起草單位:北京醫(yī)院、北京市紅十字血液中心、中華骨髓庫管理中心、浙江省血液中心、遼寧省血液中心。
本標準主要起草人:蔡劍平、張志欣、肖堯、黑愛蓮、周曉陽、王琳、戴大鵬、張立群、朱發(fā)明、李劍平。
引言
人類白細胞抗原(human leukocyte antigen, HLA)又稱移植抗原,與同種異體組織器官移植以及移植物的排斥反應(yīng)相關(guān)。存在于細胞膜表面的HLA分子可以結(jié)合來自細胞內(nèi)或細胞外的肽,形成HLA-肽復(fù)合物,抗原遞呈細胞將該復(fù)合物遞呈給T細胞引起一系列的免疫反應(yīng)。
隨著對HLA研究的深入,20世紀中葉誕生的器官移植和造血干細胞移植技術(shù)已成為臨床醫(yī)學(xué)治療和拯救患者生命的重要手段,數(shù)以百萬計的患者通過器官移植和造血干細胞移植獲得了新生。近二十年來,隨著對免疫抑制劑、HLA配型、HLA抗體檢測和監(jiān)測等存活率影響因素的認識,器官移植和造血干細胞移植存活率得到了顯著的改善。HLA組織配型是影響器官移植和造血干細胞移植存活率及受者生存質(zhì)量的重要因素之一。
HLA基因具有高度的多態(tài)性,決定了所表達的HLA抗原分子的多態(tài)性。隨著聚合酶鏈反應(yīng)(polymerase chainreaction,PCR)技術(shù)在臨床應(yīng)用的日益廣泛,從20世紀80年代末開始HLA分型已從過去主要采用血清學(xué)和細胞學(xué)檢測技術(shù)過渡到以基因分型檢測技術(shù)為主?;蚍中蜋z測技術(shù)具有靈敏度高、正確度高、能檢測出血清學(xué)和細胞學(xué)方法無法檢出的基因型別等優(yōu)點,還具有不排斥原有血清學(xué)和細胞學(xué)所闡述信息的優(yōu)點。HLA基因分型檢測技術(shù)對實驗室人員、實驗室設(shè)置、檢測的技術(shù)流程以及質(zhì)量控制等提出了更高的要求。長期以來我國一直缺乏HLA基因分型檢測技術(shù)體系的規(guī)范及要求,在一定程度上影響了HLA基因分型整體檢測水平的提高和臨床器官移植、造血干細胞移植標準化的進程。
本標準擬建立適用于我國國情的HLA基因分型檢測技術(shù)體系的規(guī)范及要求,旨在提高我國HLA基因分型實驗室的技術(shù)水平,更有效地服務(wù)于與HLA相關(guān)的臨床診療工作。
人類白細胞抗原基因分型檢測體系技術(shù)標準
1范圍
本標準規(guī)定了HLA基因分型檢測體系的技術(shù)要求。
本標準適用于所有開展人體標本HLA基因分型檢測,提供與臨床疾病的診療、預(yù)防、用藥監(jiān)測或者移植以及人體健康評估相關(guān)報告的檢測實驗室,也適用于開展捐獻者HLA基因分型數(shù)據(jù)入庫的檢測實驗室和對HLA檢測進行質(zhì)量控制的實驗室。
2規(guī)范性引用文件
本標準沒有規(guī)范性引用文件。
3術(shù)語和定義
下列術(shù)語和定義適用于本標準。
3.1
IPD-IMGT/HLA數(shù)據(jù)庫 Immuno-Polymorphism Database (IPD)- international ImMunoGeneTics project (IMGT)/HLA database
人類主要組織相容性復(fù)合物的 DNA序列數(shù)據(jù)庫,包含經(jīng)世界衛(wèi)生組織 HLA命名委員會命名的 HLA等位基因序列。
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3.2基于直接測序的基因分型 sequence based typing,SBT
- 基于核酸直接測序技術(shù)的基因分型方法。
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3.3基于序列特異性引物的基因分型 sequence-specific primer,SSP
- 采用等位基因特異性引物進行核酸擴增的基因分型方法。
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3.4基于序列特異性寡核苷酸雜交的基因分型 sequence-specific oligonucleotide,SSO
- 采用特異性序列的寡核苷酸進行核酸雜交的基因分型方法。
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3.5基因型 genotype
- 某一基因或一組基因的具體等位基因組合。
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3.6基因座 locus
- 基因在染色體上的位置,同一座位上可能有不同類型的等位基因;或一段DNA序列在染色體上的位置。
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3.2基于直接測序的基因分型 sequence based typing,SBT
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3.7擦拭檢測 wipe test
是一種通過擦拭物體表面來監(jiān)測實驗室設(shè)備和臺面是否被核酸污染的檢測方法。
4環(huán)境和設(shè)施要求
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1環(huán)境
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1.1實驗室應(yīng)有充足的空間,以便所有操作過程和檢測分析能夠正常運行,區(qū)域間應(yīng)避免相互干擾。
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1.2實驗室檢測區(qū)域應(yīng)分為“清潔區(qū)”和“污染區(qū)”,進行有效隔離并采取措施以防止核酸交叉污染。
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1.3應(yīng)對實驗室環(huán)境溫度、濕度進行監(jiān)控并記錄。
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2設(shè)施
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2.1存放試劑和標本的冰箱或者冰柜應(yīng)滿足實驗的需要。
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2.2照明和通風(fēng)設(shè)備及緊急噴淋、洗眼器等應(yīng)急設(shè)備應(yīng)與實驗檢測要求相適應(yīng)。
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2.3保存記錄的設(shè)施應(yīng)滿足檔案管理要求。使用中的記錄和存檔記錄的保存位置清晰可辨且易于查找。
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2.4需要控制溫度的儀器應(yīng)根據(jù)實驗要求調(diào)節(jié)到賊佳溫度,定期對其溫度進行監(jiān)控和記錄。
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2.5關(guān)鍵儀器設(shè)備應(yīng)配置無間斷電源。
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2.6設(shè)備應(yīng)由經(jīng)過授權(quán)的人員操作,專人管理。
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2.7設(shè)備及其軟件應(yīng)有少有性標識,并保存記錄。
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2.8儀器設(shè)備應(yīng)定期進行維護保養(yǎng),并保存維護、維修記錄。
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2.9應(yīng)根據(jù)需求變化或硬件環(huán)境的變化對應(yīng)用程序進行部分或全部的升級,并對升級后的軟件進行性能評估。依據(jù) IPD-IMGT/HLA數(shù)據(jù)庫的更新,至少每年一次對本地 HLA數(shù)據(jù)庫進行更新,并針對更新后的數(shù)據(jù)庫進行性能評估。
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3生物、化學(xué)和物理危險性
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3.1生物危險性
- 所有人類標本(包括血樣、組織等)均應(yīng)被認作感染性的樣本來處置,實驗室應(yīng)根據(jù)檢測工作進行相應(yīng)的生物安全等級備案。
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3.2化學(xué)危險性
- 分子生物學(xué)實驗過程可能使用含有毒性的或致突變的化學(xué)物質(zhì)(如氯仿、溴化乙啶和苯酚),每一種化學(xué)品的使用應(yīng)遵循我國對化學(xué)品使用的相關(guān)規(guī)定。
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3.1生物危險性
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3.3物理危險性
分子生物學(xué)實驗過程可能遇到具有潛在的物理危險性(如電泳儀、紫外線及離心設(shè)備),應(yīng)遵循相應(yīng)儀器的操作規(guī)則。
5試劑耗材的采購和儲存
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1通用要求
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1.1應(yīng)制定并執(zhí)行檢測試劑、耗材的選擇、購買、接收和儲存的程序。
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1.2購買的檢測試劑、耗材,驗收合格后方可使用并保留驗收記錄。
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1.3應(yīng)對影響檢測質(zhì)量的關(guān)鍵耗材、試劑供應(yīng)商進行評價,保存評價記錄和供應(yīng)商名錄。
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2試劑耗材評估
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2.1選購影響檢測質(zhì)量的關(guān)鍵耗材、試劑前應(yīng)進行評估,產(chǎn)品質(zhì)量應(yīng)滿足實驗室檢測要求。
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2.2更換試劑和耗材的生產(chǎn)商應(yīng)進行評估,產(chǎn)品質(zhì)量應(yīng)滿足實驗室檢測要求。
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2.3使用新批號試劑前,應(yīng)對新、舊批號質(zhì)量進行比對??刹捎闷叫袡z測同一樣本或質(zhì)控品的方式,新批號質(zhì)量應(yīng)滿足實驗室檢測要求。
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2.4影響檢測質(zhì)量的關(guān)鍵耗材、試劑應(yīng)確認合格,經(jīng)實驗室主任或者授權(quán)人審批后才投入使用。
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3試劑的來源、制備及儲存
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3.1應(yīng)記錄影響檢測質(zhì)量的關(guān)鍵耗材和試劑的來源,包括制造商、供應(yīng)商、購買日期、購買人、試劑批號等,且易于查詢。
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3.2所有檢測試劑應(yīng)使用等級匹配的化學(xué)試劑配制,高效檢測試劑達到分子生物學(xué)等級水準。
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3.3應(yīng)按照實驗室標準操作規(guī)程進行試劑配制,并進行記錄。
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3.4所有使用的試劑應(yīng)清晰標記名稱、濃度、試劑特性、無菌狀態(tài)、試劑保存條件、配制人、配制日期或開啟日期、試劑有效期,并清晰標示試劑毒性。
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3.5所有使用的商業(yè)試劑的儲存標準應(yīng)與制造商提供的說明書相一致。
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3.6商業(yè)或者自制的試劑、水、溶液、培養(yǎng)基、質(zhì)控品、校準品及其他試劑,當(dāng)超過使用效期、性質(zhì)改變或質(zhì)量下降時,不應(yīng)使用。
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3.7使用商業(yè)試劑盒應(yīng)遵循制造商的說明書。
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3.8應(yīng)記錄每次檢測使用試劑的批號或者貨號。
- 6樣本的采集和處理
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3.8應(yīng)記錄每次檢測使用試劑的批號或者貨號。
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1患者或被檢測者信息
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1.1患者或被檢測者的送檢單信息內(nèi)容應(yīng)包括姓名、性別、出生日期(年齡)、采樣日期、樣本類型、送檢醫(yī)師姓名、臨床相關(guān)資料或?qū)嶒炇覚z查資料,可酌情調(diào)整內(nèi)容。
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1.2樣本容器上應(yīng)標注少有性標識。
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1.3患者或被檢測者信息表、樣本、驗收記錄應(yīng)歸檔保存,便于分析和追溯。
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1.4實驗室應(yīng)確?;颊呋虮粰z測者信息的安全性和保密性。
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1.5患者或被檢測者的樣本被用于科研項目或商業(yè)項目時,應(yīng)經(jīng)過倫理審查和知情同意;如患者或被檢測者樣本僅進行臨床檢測,則無需填寫知情同意書。
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2樣本采集
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2.1樣本采集前應(yīng)明確采集方法、采集部位和保存方式,準備好采集器械。采集樣本類型可為外周血、口腔拭子、骨髓細胞、唾液、組織。
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2.2樣本采集應(yīng)按照實驗室操作標準進行操作,并進行記錄。
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2.3采集樣本時應(yīng)注意影響樣本采集和質(zhì)量的因素,外周血推薦使用 EDTA等抗凝劑,不宜使用肝素抗凝。
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2.4采集的樣本應(yīng)具有少有性標識,并與送檢單一一對應(yīng),可追溯患者姓名、出生日期、醫(yī)院編號或者實驗室編號、樣本采集日期和采集時間。
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3樣本運輸
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3.1樣本可以常溫或普通冰袋運輸,防止反復(fù)凍融和污染。
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3.2樣本應(yīng)有運輸清單信息,包括樣本編號、采集時間、采集實驗室、采集人、樣本數(shù)量、患者信息、運輸容器、運輸方式和保存方式等。
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4樣本接收和驗收
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4.1接收樣本時,應(yīng)做好接收驗收記錄,包括樣本來源、類型、運輸方法、運輸容器、實驗室接收樣本的日期、樣本質(zhì)量和數(shù)量、附帶資料等。
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4.2當(dāng)樣本信息不足、樣本處理或運輸不當(dāng)、量不能滿足檢測、抗凝方式不當(dāng),實驗室可以拒收樣本并做好相應(yīng)記錄,通知送檢方重新送檢。
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4.3驗收通過的樣本應(yīng)按實驗要求進行編號并存儲樣本信息。
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4.4采集后的樣本可于 4℃暫存 2周,超出 2周宜在-20℃以下冰箱保存。樣本應(yīng)避免反復(fù)凍融和相互污染,盡早提取核酸。
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DNA提取、檢測和保存
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5.1樣本基因組 DNA提取
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5.1.1可從多種類型的樣本中提取基因組 DNA,提取方法應(yīng)已獲得廣泛承認,并經(jīng)實驗室驗證。
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DNA時應(yīng)記錄所有操作步驟及試劑來源,操作步驟及試劑來源的任何變動或?qū)嶒炦^程中的任何異?,F(xiàn)象也應(yīng)記錄,操作人應(yīng)簽字并注明實驗日期。
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5.1.3應(yīng)設(shè)有獨立的 DNA提取操作區(qū)。操作區(qū)照明和通風(fēng)設(shè)備應(yīng)滿足實驗要求,關(guān)鍵設(shè)備配置無中斷或緊急電源,并利用物理或生化手段防止污染。區(qū)域內(nèi)使用專用工作服、手套和一次性用品。
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5.1.4DNA提取前應(yīng)驗證所有試劑質(zhì)量以及 DNA提取系統(tǒng)。應(yīng)按照標準操作規(guī)程提取 DNA,操作手冊置于便于取閱的地方。
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5.1.5應(yīng)保留部分原始樣本,不應(yīng)全部用來提取 DNA,以便后續(xù)追溯和使用。
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5.1.6DNA提取完成后應(yīng)填寫提取記錄,包括樣本編號、提取時間、提取操作人、提取方式、樣本濃度和體積等。
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5.2DNA濃度的測定
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5.2.1對于要求高純度核酸的檢測方法,應(yīng)對獲取的 DNA進行濃度和純度的檢測,可使用分光光度計法和電泳法。
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5.2.2分光光度計對 DNA濃度測定前應(yīng)先校正,并設(shè)立合適的對照。DNA樣本被檢測時,應(yīng)高效其全部溶解且濃度均勻。核酸賊大吸收波長在 260 nm,1.0的光密度值相當(dāng)于雙鏈 DNA含量為 50 μg/mL;蛋白質(zhì)賊大吸收波長在 280 nm處,因此測定 A260/A280比值,可判斷樣本中蛋白質(zhì)和 RNA污染的情況。比值在 1.8~2.0之間,說明 DNA純度高;比值小于 1.6,說明樣本中蛋白質(zhì)殘留較多;如果比值大于
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RNA污染,建議重新抽提或純化。
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5.2.3電泳法常用來判斷 DNA的完整性和 RNA污染情況。
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5.2.4DNA濃度、純度和完整性應(yīng)符合實驗室使用試劑的要求。若不符合后續(xù)檢測的要求,應(yīng)重新抽提。
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DNA的保存
基因組DNA可于4℃暫存2周,超出2周宜在-20℃以下冰箱保存。-20℃保存超過1年后再使用,應(yīng)先進行DNA質(zhì)量評估,滿足實驗要求方可使用。
7HLA基因分型檢測方法
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1聚合酶鏈反應(yīng)-序列特異性引物(polymerase chain reaction-sequence specific primer,PCR-SSP)方法
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1.1基本原理
- 根據(jù)HLA基因序列的多態(tài)性,設(shè)計一系列等位基因特異性引物,通過特定的PCR反應(yīng)體系擴增各等位基因的特異性DNA片段,產(chǎn)生相對應(yīng)的特異性擴增產(chǎn)物條帶,然后通過瓊脂糖 凝膠 電泳檢測PCR擴增產(chǎn)物,根據(jù)是否得到PCR產(chǎn)物以及產(chǎn)物的片段大小進行HLA基因分型。PCR-SSP的3′端引物和靶DNA特異性結(jié)合后,Taq酶使配對引物的3′端延伸,但非配對的不延伸,所以只有當(dāng)靶DNA和上下游引物全部互補時才能有效擴增。PCR-SSP引物體系的特異性是通過上下游引物特異性之間的交叉來實現(xiàn)的。
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1.1基本原理
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1.2檢測設(shè)備及引物設(shè)計
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1.2.1必需的設(shè)備(包括但不限于):96孔 PCR板、專用貼膜;單通道移液器、多通道移液器;96孔或 384孔模塊 PCR儀;電泳系統(tǒng)及核酸片段分析系統(tǒng)。
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PCR-SSP法的 HLA基因分型技術(shù),關(guān)鍵是正確設(shè)計特異性的引物。該引物序列應(yīng)與所檢測的 HLA等位基因序列相對應(yīng),宜使用商業(yè)試劑盒。
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1.2.3PCR引物和引物混合物宜分裝保存。
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1.3結(jié)果分析及問題解決方法
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1.3.1總述
- 每個PCR-SSP反應(yīng),如果有內(nèi)對照擴增,則該反應(yīng)有效。如果一個反應(yīng)既沒有內(nèi)對照又沒有特異基因擴增條帶,則該反應(yīng)失敗。如果一個反應(yīng)沒有內(nèi)對照擴增,即使這個等位基因在該反應(yīng)里被擴增了,也被視為檢測失敗。等位基因的型別通過陽性和陰性反應(yīng)的格局來判別。單孔反應(yīng)失敗時,應(yīng)重新進行PCR擴增反應(yīng)。
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1.3.1總述
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1.3.2常見問題的可能原因及解決方法
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1.3.2.1無等位基因和無內(nèi)對照片段擴增
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PCR儀的問題,可用確認的 DNA樣本對檢測試劑和 PCR儀進行驗證;
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b) DNA的質(zhì)量不符合要求,當(dāng) DNA濃度太低,可以適當(dāng)增加 DNA模板量,或增加 Taq酶量或兩者同時增加;
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c) Taq酶可能失效,更換 Taq酶。實驗室應(yīng)正確存儲和使用 Taq酶。
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PCR儀的問題,可用確認的 DNA樣本對檢測試劑和 PCR儀進行驗證;
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1.3.2.2整體擴增條帶顯色強度弱
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a) PCR儀的問題,用確認的 DNA樣本檢測 PCR儀;
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b) DNA的質(zhì)量不符合要求,參照 7.1.3.2.1 b);
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c) Taq酶質(zhì)量低或過度稀釋。應(yīng)提高 Taq酶濃度,確保 Taq酶正確保存和使用。每個實驗應(yīng)選擇合適的 Taq酶濃度;
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d) PCR相關(guān)試劑未正確保存、配制及使用,應(yīng)確保每一步驟嚴格按照標準操作規(guī)程進行,必要時更換新的試劑。
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a) PCR儀的問題,用確認的 DNA樣本檢測 PCR儀;
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1.3.2.3單一位點出現(xiàn)多個等位基因擴增條帶
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DNA受到污染,這種污染會在多個反應(yīng)孔中產(chǎn)生額外條帶,可能出現(xiàn)兩種樣本的反應(yīng)格局,應(yīng)重新提取樣本 DNA;
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b) PCR產(chǎn)物污染,這種污染會在單個或少數(shù)檢測位點產(chǎn)生額外條帶,應(yīng)使用新的試劑進行重新擴增;
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c) 可能是新的等位基因,應(yīng)使用其他分子生物學(xué)方法進行確認。
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DNA受到污染,這種污染會在多個反應(yīng)孔中產(chǎn)生額外條帶,可能出現(xiàn)兩種樣本的反應(yīng)格局,應(yīng)重新提取樣本 DNA;
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1.3.2.4多個或所有位點出現(xiàn)多個等位基因擴增條帶
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DNA受到污染,這種污染大多數(shù)會在多個或所有基因位點的反應(yīng)孔中產(chǎn)生額外條帶,可能出現(xiàn)兩種樣本的反應(yīng)格局,應(yīng)重新提取樣本 DNA;
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b) PCR儀加熱系統(tǒng)錯誤,如果 PCR程序被中斷或重啟(尤其是在早期階段),可以看到多條條帶,應(yīng)對 PCR儀進行檢修和校準;
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PCR反應(yīng)液受到污染,應(yīng)重新采集樣本或配制新的試劑進行擴增檢測。
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DNA受到污染,這種污染大多數(shù)會在多個或所有基因位點的反應(yīng)孔中產(chǎn)生額外條帶,可能出現(xiàn)兩種樣本的反應(yīng)格局,應(yīng)重新提取樣本 DNA;
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1.3.2.5一個基因位點上無特異性擴增條帶
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a) PCR反應(yīng)液配制錯誤,應(yīng)確保所有的 PCR反應(yīng)組份在使用前經(jīng)過驗證;
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dNTP( 脫氧核糖核苷 三磷酸)與 MgCl 2的比#20363;不合適,可影響一個或更多基因位點的擴增,表現(xiàn)出在一個特殊的位點沒有等位基因,可調(diào)整 dNTP與 MgCl 2比例進行再次測試;
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c) 如果某些等位基因有較高的 G/C含量,可因 Taq酶選擇不當(dāng)導(dǎo)致難以擴增。應(yīng)更換合適的 Taq酶。
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a) PCR反應(yīng)液配制錯誤,應(yīng)確保所有的 PCR反應(yīng)組份在使用前經(jīng)過驗證;
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1.3.2.6有等位基因擴增條帶但無內(nèi)對照條帶
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a) DNA降解,使分子量大的擴增條帶難以產(chǎn)生,如內(nèi)對照無擴增條帶,應(yīng)重新提取樣本 DNA;
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b) PCR延伸時間不足,應(yīng)增加 PCR反應(yīng)延伸時間;
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c) PCR儀故障,應(yīng)重新校準 PCR儀;
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d) 內(nèi)對照擴增引物濃度過低,應(yīng)提高引物濃度。
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a) DNA降解,使分子量大的擴增條帶難以產(chǎn)生,如內(nèi)對照無擴增條帶,應(yīng)重新提取樣本 DNA;
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1.3.2.7有內(nèi)對照擴增條帶但無等位基因條帶
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a) 鎂離子濃度過高,應(yīng)重新配制 PCR擴增試劑;
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b) PCR儀蓋壓力不夠,應(yīng)確保 PCR儀蓋和 PCR管/板之間的壓力匹配。
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a) 鎂離子濃度過高,應(yīng)重新配制 PCR擴增試劑;
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1.3.2.8部分分型結(jié)果清晰,部分分型結(jié)果失敗
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a) PCR儀加熱系統(tǒng)故障,應(yīng)確保 PCR儀加熱模塊的一致性;
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PCR儀加熱模塊不匹配,應(yīng)確保 PCR管/板的底部直接接觸 PCR儀加熱模塊;
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c) PCR儀蓋壓力不均勻,應(yīng)確保 PCR儀蓋和 PCR管/板之間的壓力匹配;
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d) 凝膠電泳時核酸染料沒有混合均勻或濃度不足,應(yīng)重新配制凝膠或核酸染料溶液。
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a) PCR儀加熱系統(tǒng)故障,應(yīng)確保 PCR儀加熱模塊的一致性;
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1.4檢測方法的局限性
- 基于已知序列信息的分型方法可能檢測不到新的等位基因,或者無法與已知等位基因相區(qū)別,為避免漏檢新的等位基因,當(dāng)使用PCR-SSP方法時,可采用多種引物,以提高檢測到新等位基因的可能性。
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1.3.2.1無等位基因和無內(nèi)對照片段擴增
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-序列特異性寡核苷酸雜交(polymerase chain reaction-sequence specificoligonucleotide,PCR-SSO)方法
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2.1基本原理
PCR-SSO方法首先是對HLA的多態(tài)性區(qū)域進行擴增,然后根據(jù) 堿基配對 原則使用特異性探針進行雜交,根據(jù)雜交信號判斷結(jié)果?;赑CR-SSO技術(shù)的HLA分型方法主要包括正相SSO方法和反相SSO方法兩種。PCR-SSO技術(shù)具有 靈敏度 高、特異性強、加樣量少的特點。
2000年后基于流式熒光檢測儀Luminex平臺的PCR-SSO基因分型檢測系統(tǒng)開發(fā)成功,它利用 傳統(tǒng) PCR-SSO的原理,首先對樣本的HLA多態(tài)性區(qū)域進行擴增,擴增產(chǎn)物經(jīng)解鏈后與 包被 在微珠上的特異性 探 針雜交結(jié)合,通過Luminex流式熒光檢測儀檢測,確定HLA分型結(jié)果。該系統(tǒng)是 整合 了熒光編碼微珠、激光檢測、應(yīng)用流體力學(xué)、高速數(shù)字信號和計算機運算法等多項技術(shù)的高通量檢測平臺。7.2主要針對Luminex平臺的PCR-SSO HLA基因分型檢測技術(shù)進行說明和要求。
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2.2必需的設(shè)備與耗材(包括但不限于)
- 96孔PCR板、96孔雜交板、96孔讀取板、專用貼膜,單通道移液器、多道移液器,96孔PCR儀、Luminex分析儀,平板離心機,電泳系統(tǒng)及成像系統(tǒng)。
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2.2必需的設(shè)備與耗材(包括但不限于)
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2.3PCR引物和雜交探針的設(shè)計
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2.3.1PCR擴增引物一般至少針對 HLA Ⅰ類基因(HLA-A, HLA-B,HLA-C)的 2號外顯子和 3號外顯子進行擴增,至少針對 HLA Ⅱ類基因(HLA-DRB1,HLA-DQB1)的 2號外顯子進行擴增。
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PCR-SSO法的 HLA基因分型技術(shù)的關(guān)鍵是正確地設(shè)計特異性雜交探針,該探針序列應(yīng)與所檢測的 HLA等位基因序列相匹配。
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2.3.3PCR引物應(yīng)于-20℃保存,包被探針的微珠應(yīng)避免反復(fù)凍融、劇烈震蕩,按廠家說明書要求條件保存。
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2.4結(jié)果分析及問題解決方法
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2.4.1總述
- 對于每個PCR-SSO反應(yīng),如果內(nèi)對照雜交信號達到閾值,可認為反應(yīng)有效;如內(nèi)對照和特異等位基因雜交信號均未達到閾值,可認為反應(yīng)失??;如內(nèi)對照雜交信號未達到閾值,即使特異等位基因雜交信號達到閾值,也認為反應(yīng)失敗。
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2.4.1總述
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2.4.2常見問題可能原因及解決方法
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2.4.2.1擴增反應(yīng)失敗(電泳顯示無擴增條帶)
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PCR儀的問題,用確認的 DNA樣本對檢測試劑和 PCR儀進行驗證;
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b) DNA的質(zhì)量不符合要求,DNA濃度太低,可以適當(dāng)增加 DNA模板量,或增加 Taq酶量或兩者同時增加,如果凝膠成像顯示 DNA條帶正常,可能是 DNA純度差的原因,需要重新提取 DNA。
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PCR儀的問題,用確認的 DNA樣本對檢測試劑和 PCR儀進行驗證;
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2.4.2.2微珠讀取數(shù)量未達到閾值
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a) Luminex儀器進樣針堵塞,應(yīng)對儀器進行檢修;
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b) 微珠混合不均勻,應(yīng)確保每一步驟嚴格按照標準操作規(guī)程進行;
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c) 微珠的保存條件不正確,應(yīng)按廠家說明書要求進行保存。
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a) Luminex儀器進樣針堵塞,應(yīng)對儀器進行檢修;
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2.4.2.3雜交熒光信號出現(xiàn)假陰性或未達到閾值
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a) PCR反應(yīng)擴增失敗或擴增反應(yīng)弱,應(yīng)參照 7.2.4.2.1的解釋;
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Luminex儀器的問題,用確認的 DNA樣本對檢測試劑和 Luminex儀器進行驗證;
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c) 雜交試劑的保存、配制以及雜交后洗滌條件不當(dāng),應(yīng)確保每一步驟嚴格按照標準操作規(guī)程進行。
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a) PCR反應(yīng)擴增失敗或擴增反應(yīng)弱,應(yīng)參照 7.2.4.2.1的解釋;
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2.4.2.4雜交熒光信號出現(xiàn)假陽性
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a) DNA純度和濃度沒有達到要求,應(yīng)參照 7.2.4.2.1 b)的解釋;
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b) PCR擴增反應(yīng)中 Taq酶過量,應(yīng)確保每一步驟嚴格按照標準操作規(guī)程進行;
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Luminex儀器的問題,用確認的 DNA樣本對檢測試劑和 Luminex儀器進行驗證;
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d) 雜交過程中未充分混勻、孵育時間過長、熒光染料過量、洗板后孔內(nèi)上清殘留過多,應(yīng)確保每一步驟嚴格按照標準操作規(guī)程進行。
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a) DNA純度和濃度沒有達到要求,應(yīng)參照 7.2.4.2.1 b)的解釋;
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2.5檢測方法的局限性
- 基于已知序列信息的分型方法可能檢測不到新的等位基因,或者無法與已知等位基因相區(qū)別,為避免漏檢新的等位基因,當(dāng)使用PCR-SSO方法時,可以加大探針的種類和數(shù)量,以提高檢測到潛在的新的等位基因的可能性。
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2.4.2.1擴增反應(yīng)失敗(電泳顯示無擴增條帶)
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3基于直接測序法(sequence-based typing,SBT)
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3.1基本原理
- 基于SBT的HLA基因分型檢測是對DNA序列進行直接測序,通過與國際HLA數(shù)據(jù)庫比對分析,獲得HLA等位基因型別的分析方法。任何DNA直接序列測定的方法均可用于HLA基因分型檢測,該方法是賊高效的HLA基因分型方法,可正確確定新的HLA等位基因。
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3.2必需的設(shè)備(包括但不限于)
- PCR儀、DNA測序儀、HLA基因分型軟件、計算機系統(tǒng)。
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3.1基本原理
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3.3PCR擴增引物及測序引物的設(shè)計
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3.3.1PCR擴增引物一般針對 HLA Ⅰ類基因和 HLA Ⅱ類基因的各外顯子進行擴增,宜使用商業(yè)試劑盒。
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3.3.2測序引物一般根據(jù)擴增產(chǎn)物的區(qū)域決定,可使用商業(yè)試劑盒。
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3.3.3引物和測序試劑應(yīng)分裝保存。
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3.4結(jié)果分析及問題的解決方法
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3.4.1總述
- 以Sanger雙脫氧鏈終止法為代表的先進代測序方法應(yīng)用較為廣泛,本條內(nèi)容主要針對采用先進代測序技術(shù)的HLA基因分型檢測方法進行說明和要求。
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3.4.1總述
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3.4.2常見問題可能原因及解決方法
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3.4.2.1無序列峰圖信號
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a) 測序模板未能有效擴增,應(yīng)對擴增產(chǎn)物進行電泳分析,確定是否有足量特異性擴增產(chǎn)物,如擴增產(chǎn)物存在問題,應(yīng)重新擴增;
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b) 測序引物選擇存在問題,應(yīng)核對加入引物的種類及加入量是否正確;
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c) 測序試劑配制、保存存在問題,每一步驟應(yīng)嚴格按照標準操作規(guī)程進行。
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a) 測序模板未能有效擴增,應(yīng)對擴增產(chǎn)物進行電泳分析,確定是否有足量特異性擴增產(chǎn)物,如擴增產(chǎn)物存在問題,應(yīng)重新擴增;
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3.4.2.2測序背景信號高
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a) 測序模板加入量沒有達到要求,應(yīng)重新調(diào)整測序模板加入量;
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b) 測序模板純度(擴增條帶特異性差或 PCR抑制劑過多)沒有達到要求,應(yīng)重新純化和擴增測序模板。
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a) 測序模板加入量沒有達到要求,應(yīng)重新調(diào)整測序模板加入量;
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3.4.2.3雜峰信號過多
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PCR反應(yīng)液污染,應(yīng)重新進行擴增檢測;
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b) 測序模板加入量偏少,測序信號值偏低,應(yīng)調(diào)整測序模板加入量;
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c) 測序引物特異性或延伸效率較差,應(yīng)重新設(shè)計或合成測序引物;
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d) 存在堿基插入或缺失區(qū)段,應(yīng)進行等位基因特異性擴增測序或克隆測序鑒定;
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e) GC含量過高,測序擴增反應(yīng)效率過低,應(yīng)調(diào)整測序 PCR程序或調(diào)整測序反應(yīng)體系。
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PCR反應(yīng)液污染,應(yīng)重新進行擴增檢測;
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3.4.2.1無序列峰圖信號
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3.5檢測方法的局限性
由于HLA具有高度多態(tài)性,在分型時測序區(qū)域有時會出現(xiàn)序列組合形式上有效相同的情況,這種情況既可能是由于兩個或多個等位基因在所檢測區(qū)域序列一致(兩者差異在所檢測區(qū)域之外),又可能是由于該測序區(qū)域存在相同的等位基因組合,此時應(yīng)擴大檢測區(qū)域或采用等位基因選擇性擴增的方法進行
分型。
8質(zhì)量控制
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1原則和目的
- 檢測結(jié)果的正確性和高效性依賴于實驗室質(zhì)量控制,質(zhì)量控制包括對試劑、人員技能和設(shè)備儀器性能的質(zhì)量控制。試劑包括檢測用的任何化學(xué)或生物制品,對試劑的正確標記、保存、配制和使用都非常重要,試劑使用不當(dāng)可能會影響檢測結(jié)果的高效性甚至對檢測人員的健康和安全構(gòu)成威脅。對人員的培訓(xùn)、儀器的校準、維護維修也是質(zhì)量控制的組成部分。實驗室開展的檢測項目應(yīng)至少參加一項能力驗證/室間質(zhì)量評價(Proficiency Testing/External Quality Assessment, PT/EQA)項目,如果沒有PT/EQA組織機構(gòu)能夠提供對該項目的室間質(zhì)量評價,實驗室應(yīng)與其它實驗室建立平行檢測比較,至少每6個月一次。
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1原則和目的
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2人員檢測能力考核評估
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2.1實驗室主任、技術(shù)主管及檢測人員應(yīng)參與實驗室檢測項目相關(guān)的繼續(xù)教育。
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2.2實驗室主任和技術(shù)主管應(yīng)建立檢測人員技能評估的計劃和程序文件,至少每年對相關(guān)人員的技能進行一次評估并記錄。
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2.3實驗室主任和技術(shù)主管應(yīng)對檢測人員的檢測能力進行考核并記錄。先進年至少考核兩次,一年后每年至少考核一次,每當(dāng)檢測方法或者儀器發(fā)生變更時考核一次,離崗 6個月及以上人員再上崗前應(yīng)增加考核一次。
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2.4實驗室主任和技術(shù)主管應(yīng)每年至少一次向檢測人員發(fā)放相應(yīng)的特定質(zhì)控物作為盲樣,以驗證檢測人員對相應(yīng)質(zhì)控物的檢測能力。實驗室應(yīng)保留每位檢測人員的驗證結(jié)果至少兩年。
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2.5檢測能力考核評估記錄應(yīng)包括以下內(nèi)容:
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a) 常規(guī)檢測項目操作的規(guī)范性,包括樣本的準備、處理和檢測;
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b) 實驗記錄的完整性、真實性;
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c) 實驗結(jié)果的正確性;
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d) 儀器保養(yǎng)和操作的正確性;
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e) 質(zhì)控記錄、PT/EQA結(jié)果、儀器維護記錄的完整性;
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f) 通過已檢測樣本、室內(nèi)盲樣、室間質(zhì)評樣本評估其檢測能力;
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g) 綜合評估其解決問題的能力。
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a) 常規(guī)檢測項目操作的規(guī)范性,包括樣本的準備、處理和檢測;
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2.5檢測能力考核評估記錄應(yīng)包括以下內(nèi)容:
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3試劑質(zhì)量控制
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3.1試劑標記
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3.2供貨商評價
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3.2.1建立實驗室承認的供貨商評價系統(tǒng),供貨商資格滿足實驗檢測要求。
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3.2.2建立合同審計制度。
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3.2.3建立供貨商所提供試劑的質(zhì)量證明和質(zhì)控報告記錄檔案。
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3.3試劑管理
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3.3.1建立實驗室常用試劑清單,包括但不限于以下內(nèi)容:試劑名稱/化學(xué)式、毒性、制造商和貨號、制備要求、儲存要求。
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3.3.2建立實驗室試劑使用記錄/質(zhì)控記錄,包括但不限于以下內(nèi)容:試劑名稱、批號、接收日期、使用期限、配制日期或開啟日期、配制人或開啟人簽名。
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3.3.3所有過失效期的試劑應(yīng)廢棄。
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3.3.4商業(yè)試劑盒不同批號間的試劑不應(yīng)混用,除非制造商經(jīng)實驗證明其對檢測結(jié)果無影響。
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3.3.5建立實驗室試劑庫存清單,以高效檢測期間試劑的供應(yīng),試劑庫存清單應(yīng)包括但不限于以下內(nèi)容:上一批訂購量、訂貨周期、賊小庫存量。
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3.4試劑性能記錄
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3.4.1每種試劑在用于檢測前,都應(yīng)滿足其賊低標準要求。
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3.4.2每批新試劑用于檢測前,應(yīng)檢測其性能指標,應(yīng)與現(xiàn)用試劑具有同等質(zhì)量、達到同樣性能標準。
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3.4.3當(dāng)試劑性能指標超出可接受誤差范圍時,應(yīng)重復(fù)實驗并上報實驗室技術(shù)主管。
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3.5試劑質(zhì)控的程序
- 應(yīng)制定試劑質(zhì)控程序,詳細說明質(zhì)控過程,質(zhì)控記錄應(yīng)存檔。該記錄內(nèi)容應(yīng)包括試劑性能的可接受范圍和與歷史數(shù)據(jù)的比對。對于HLA基因分型,試劑質(zhì)控主要針對引物和探針的特異性。
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3.6試劑不能使用的原則
- 新批號試劑檢測結(jié)果與預(yù)期結(jié)果不符,不同批號試劑平行檢測中新批號試劑結(jié)果偏離較大,試劑造成質(zhì)控品的檢測結(jié)果錯誤,試劑中發(fā)現(xiàn)有污染。
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3.5試劑質(zhì)控的程序
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3.7引物的質(zhì)量控制(SSP方法)
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DNA陽性質(zhì)控品檢測 SSP引物陽性反應(yīng)的特異性。若 SSP板先進孔是 DRB1*01特異的引物,則加入包含 DRB1*01的 DNA質(zhì)控品;SSP板的每一孔都應(yīng)加入相對應(yīng)的陽性 DNA質(zhì)控品。質(zhì)控品可為已知分型的純合或雜合細胞株,也可使用已分型的患者或 PT/EQA樣本;陽性板的每個反應(yīng)孔都應(yīng)出現(xiàn)正確的特異性條帶,對于多基因型 SSP特異性引物,應(yīng)用多個相對應(yīng)的 DNA陽性質(zhì)控品進行評價。
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DNA質(zhì)控品用于評估引物的陰性特異性。用兩個以上陰性 DNA質(zhì)控品對 SSP板做檢測,陰性反應(yīng)孔應(yīng)只有內(nèi)參條帶出現(xiàn);陰性質(zhì)控品應(yīng)選擇與引物特異性非常接近的 DNA質(zhì)控品,特別應(yīng)針對容易出現(xiàn)假陽性的 SSP引物。
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3.7.3為整體評估 SSP全套引物的特異性,應(yīng)對 DNA質(zhì)控品做全套引物的完整分型,觀察、確認非特異性條帶和/或交叉反應(yīng)出現(xiàn)。
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3.7.4應(yīng)高效所用試劑質(zhì)量滿足檢測要求。
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3.8探針的質(zhì)量控制
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3.8.1SSO探針標記的質(zhì)量控制
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3.8.1.1每條探針標記后,需用 DNA質(zhì)控品進行檢測,高效其敏感性和特異性。
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3.8.1.2檢測結(jié)果應(yīng)記錄在“探針質(zhì)控工作表”中。
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3.8.1.3推薦每次進行 SSO分型時,同時包含 DNA質(zhì)控品。
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SSO質(zhì)量控制
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3.8.2.1實驗室開發(fā)的反向 SSO,新批號的試劑應(yīng)通過有效 DNA質(zhì)控品的確認,以高效每條探針的特異性。
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3.8.2.2商業(yè)試劑盒用于患者樣本檢測前,應(yīng)先用 DNA質(zhì)控品進行評價。試劑使用過程中,應(yīng)定期用 DNA質(zhì)控品監(jiān)測探針的特異性。
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4設(shè)備的維護和校準
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PCR儀、孵育箱、冰箱和水浴箱的溫度,用于監(jiān)控的溫度計使用前應(yīng)進行校準。
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4.2PCR儀反應(yīng)孔的溫度正確性和一致性應(yīng)進行監(jiān)控,實驗室應(yīng)規(guī)定孔間實際溫度偏差和預(yù)期溫度偏差的可接受范圍。
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4.3移液器應(yīng)至少每年校準一次,移液器的使用和清潔應(yīng)參照制造商的說明書。
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4.4測序儀等大型設(shè)備應(yīng)制定日常維護的操作程序、日常維護檢查時間表,并記錄維護檢查結(jié)果,保存在維護手冊中。
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4.5應(yīng)制定設(shè)備維護檢查結(jié)果的可接受范圍,當(dāng)結(jié)果超出可接受范圍時采取糾正措施,包括但不限于以下:記錄故障發(fā)現(xiàn)過程、記錄儀器維修過程、將詳細故障告知相關(guān)人員、啟用備用程序和備用儀器。
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4.6設(shè)備故障維修后應(yīng)通過實驗來驗證滿足檢測性能后,方可重新投入使用,并追溯評估故障前賊后一次實驗結(jié)果的正確性。
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5PT/EQA項目
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5.1實驗室應(yīng)參加由授權(quán)機構(gòu)組織的 PT/EQA項目。
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PT/EQA結(jié)果回報賊后期限前,實驗室不應(yīng)以任何形式與其他實驗室交流 PT/EQA樣本的檢測結(jié)果。如實驗室主任管轄范圍內(nèi)多個分支實驗室同時參與 PT/EQA項目,應(yīng)避免各實驗室檢測結(jié)果的交流。
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5.3實驗室不應(yīng)將本實驗室的 PT/EQA樣本送至其他實驗室進行檢測,也不應(yīng)將檢測結(jié)果傳至其他實驗室。
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5.4以對待常規(guī)臨床樣本的方式對待 PT/EQA樣本,所有檢測人員應(yīng)參與 PT/EQA樣本的檢測。
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5.5實驗室應(yīng)對 PT/EQA樣本的接收、保存、準備、處理、操作和檢測過程中的每一步驟及結(jié)果報告進行記錄并歸檔。與 PT/EQA有關(guān)的各項記錄的復(fù)印件至少在實驗室保存兩年,其中包括 PT/EQA樣本檢測結(jié)果回報表的復(fù)印件、所有與 PT/EQA組織單位就樣本檢測的交流記錄、實驗室主任或技術(shù)主管對每次的 PT/EQA樣本檢測或相關(guān)整改措施的審核報告的復(fù)印件。
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PT/EQA不合格時,應(yīng)調(diào)查和分析引起錯誤的原因,實施相應(yīng)的整改措施并同時記錄歸檔。實驗室應(yīng)緊急采取整改措施,確認同類錯誤未發(fā)生在臨床樣本檢測報告中。
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6DNA污染的控制
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6.1原則和目的
- 聚合酶鏈反應(yīng)(PCR)可以將DNA片段擴增到百萬倍甚至更多,但由于擴增產(chǎn)物可以在后續(xù)PCR循環(huán)里再次被擴增,因而使用PCR技術(shù)的一個風(fēng)險就是擴增產(chǎn)物的實驗室污染。PCR實驗室的質(zhì)量高效體系的一個重要部分就是監(jiān)控DNA污染。DNA污染可來自基因組DNA和擴增產(chǎn)物,均可導(dǎo)致假陽性的結(jié)果,從而造成實驗報告錯誤。因此,HLA基因分型實驗室應(yīng)建立嚴格的標準,進行DNA污染的常規(guī)監(jiān)測。
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6.1原則和目的
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6.2實驗室布局和工作流程
檢測試劑應(yīng)按5.3中的要求進行標記。
實驗室試劑配制、樣本制備、擴增及產(chǎn)物檢測應(yīng)分別在3~4個相對獨立的區(qū)域內(nèi)進行,可根據(jù)方法適當(dāng)調(diào)整區(qū)域數(shù)量。應(yīng)符合《醫(yī)療機構(gòu)臨床基因擴增檢驗實驗室管理辦法》的要求。
每個實驗室應(yīng)建立單向工作流程,使用單向工作流程可減少污染的發(fā)生。
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6.3實驗服和手套
- 根據(jù)實驗室情況,宜在試劑配制區(qū)、樣本準備區(qū)、擴增和檢測區(qū)分別配備專用實驗服,出入各區(qū)時更換。為減少潔凈區(qū)污染,每次進入試劑配制區(qū)時應(yīng)配戴或更換新手套。
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6.3實驗服和手套
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6.4移液器
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6.5試劑
- 所有用于核酸擴增的試劑應(yīng)配制后分裝,并與樣本或擴增產(chǎn)物分開存放,以減少取樣次數(shù),降低污染風(fēng)險。應(yīng)記錄試劑批號,一旦發(fā)生污染,可以追溯污染源。
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6.6加樣
- 在開蓋前宜將反應(yīng)管快速離心,小心開蓋以防氣溶膠形成。應(yīng)在反應(yīng)管中先加入非樣本反應(yīng)組分(如dNTPs、引物、緩沖液、酶),再加入樣本,每加完一個樣本要蓋好蓋后再加下一個樣本。
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6.5試劑
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7對照反應(yīng)
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7.1每次檢測應(yīng)同時設(shè)置陽性對照和陰性對照。
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7.2陽性對照是包含已知的 DNA模板,其目的為證明擴增反應(yīng)體系可正常工作。
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7.3陰性對照即為反應(yīng)物空白對照,該對照包含正常反應(yīng)除模板 DNA外的所有試劑,其目的是檢測有無模板 DNA的污染。
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8擴增產(chǎn)物的滅活方法
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PCR擴增產(chǎn)物的滅活方法
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8.1.1酶滅活法:在擴增時用 dUTP代替 dTTP參與 PCR反應(yīng),生成 dU化的擴增產(chǎn)物,這種產(chǎn)物由于存在“非自然”狀態(tài)下的堿基而與靶 DNA相區(qū)別。細菌的尿嘧啶糖苷酶(UNG)加入反應(yīng)混合物,上次擴增的 dU化的 PCR產(chǎn)物就會被 UNG降解,不會作為下一次擴增的模板。
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8.1.2局部滅活方案:可使用含氯漂白劑(例如次氯酸鈉)清潔工作臺面等,以清除殘留的 PCR產(chǎn)物或者其他污染源,用紫外燈照射工作臺面也是控制污染的有效措施。
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8.2擴增產(chǎn)物滅活方法的實施
- 確定擴增產(chǎn)物滅活方法后應(yīng)建立相應(yīng)的驗證方法。酶滅活法應(yīng)用稀釋的PCR產(chǎn)物人為“污染”反應(yīng)液,然后分析滅活效果,以評價滅活方法的有效性。如果實驗室需要更換另一種滅活方法,應(yīng)在更換前對新方法進行評價,并證實新方法的有效性。
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9擦拭檢測監(jiān)控實驗室污染
- 開展HLA基因分型的實驗室應(yīng)通過常規(guī)擦拭檢測(wipe test)、陰性對照、開管對照等途徑來監(jiān)測DNA污染或PCR擴增產(chǎn)物污染。擦拭檢測用于檢查實驗室設(shè)備和臺面是否被DNA或PCR擴增產(chǎn)物污染,對檢測結(jié)果陽性的區(qū)域需采取適當(dāng)?shù)恼拇胧?
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8.2擴增產(chǎn)物滅活方法的實施
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9.1擦拭檢測實施措施
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9.1.1用實驗室賊常見擴增產(chǎn)物的擴增試劑常規(guī)監(jiān)測擴增前區(qū)域的污染情況。
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9.1.2監(jiān)測潛在的污染,使用的方法應(yīng)達到常規(guī)檢測方法的靈敏度,且使用合適的引物。每次擴增至少包括一個陰性對照和一個陽性對照。
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9.1.3每次擦拭檢測宜包括污染監(jiān)測反應(yīng)和陽性對照反應(yīng)。
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9.1.4如果檢測到 PCR抑制的存在,應(yīng)采取清潔措施排除 PCR抑制物的干擾,并重復(fù)檢測,確認抑制物被有效清除。
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9.1.5如果檢測到污染的存在,應(yīng)采取清潔措施清除污染源,并重復(fù)檢測,確認污染源被有效清除。
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9.2污染監(jiān)測體系的建立
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9.2.1針對Ⅰ類和Ⅱ類基因擴增區(qū)域內(nèi)的非多態(tài)區(qū)設(shè)計特異性引物,此引物能檢測到所有的 PCR產(chǎn)物和基因組 DNA污染。
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9.2.2建立并確認 PCR方法的擦拭檢測步驟。
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DNA或稀釋的 PCR產(chǎn)物(作為摻入樣本對照),應(yīng)確認擦拭檢測引物對所用分型方法產(chǎn)生的 PCR產(chǎn)物是有效的,反應(yīng)液不含有干擾或抑制 Taq聚合酶活性的外來雜質(zhì)。
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9.2.4根據(jù)瓊脂糖凝膠電泳有無 PCR產(chǎn)物,記錄“+”或“-”。
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1總述
- 實驗室應(yīng)提供及時、正確、清晰、高效和客觀的檢測報告,檢測報告應(yīng)包括客戶的要求、檢測方法等內(nèi)容。在為內(nèi)部客戶或有書面協(xié)議的客戶檢測時可用簡化的報告方式。檢測報告可用紙版或電子版形式發(fā)布。實驗室應(yīng)確保檢測報告的保密性。
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2檢測報告的內(nèi)容和格式
- 檢測報告應(yīng)包含但不局限于以下內(nèi)容:患者姓名、性別、出生日期、標本采集日期、標本號或病例號、樣本實驗室編碼和少有標識、檢測方法的簡單描述、檢測結(jié)果及解釋、報告日期、報告單編號、實驗室負責(zé)人或其他授權(quán)人員的簽名、實驗室的名稱、地址和電話,檢測報告應(yīng)標有頁碼和總頁數(shù)。報告內(nèi)容可根據(jù)需求進行調(diào)整。
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1總述
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2.1檢測報告的格式
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2.1.1檢測報告的格式應(yīng)適用于各種檢測類型,減少產(chǎn)生誤解或誤用的可能性。應(yīng)注意檢測報告的排版,使檢測數(shù)據(jù)的表達方式易于理解。檢測報告的表頭應(yīng)標準化。
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2.1.2報告格式的設(shè)計應(yīng)考慮所有可能出現(xiàn)的檢測結(jié)果,高效與相關(guān)指南或規(guī)定的要求相一致。檢測報告的格式應(yīng)包括但不局限于以下因素:關(guān)鍵信息應(yīng)突出顯示或重復(fù)描述、表達方式清晰(如提供范圍、閾值)、用于風(fēng)險評估計算的信息、免責(zé)聲明或?qū)z測局限性的說明(如分析有效性、臨床有效性、非親子關(guān)系等)。
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2.2檢測報告的解釋
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2.2.1檢測報告中應(yīng)給出檢測結(jié)果的解釋說明。
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2.2.2宜采用 IPD-IMGT/HLA數(shù)據(jù)庫解釋數(shù)據(jù)。
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2.2.3檢測結(jié)果的解釋應(yīng)清晰、易于理解,便于非 HLA專業(yè)的醫(yī)生閱讀。
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2.2.4對檢測報告中未予解釋而客戶要求解釋的部分,應(yīng)由臨床咨詢醫(yī)師或其他實驗室授權(quán)人員做出口頭或書面的解釋。
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3檢測報告的發(fā)放
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3.1檢測報告應(yīng)經(jīng)過實驗室主任或技術(shù)主管或其他授權(quán)人的審核和承認后發(fā)放。
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3.2實驗室提供的檢測報告可以是紙版或電子版形式,但只能將檢測報告發(fā)放給檢測申請者或其指定人員。
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3.3當(dāng)用傳真的形式發(fā)放報告時應(yīng)確保傳真件與Ö#21407;始紙版報告內(nèi)容一致。傳真封面的收件人應(yīng)為申請者或其指定人員。實驗室應(yīng)采用封面提示注明傳真內(nèi)容包含保密信息,受法律保護。
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3.4通過電話發(fā)放報告不能高效信息的隱私保護,應(yīng)限制或禁止使用電話方式傳遞信息。
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4檢測報告的修改
- 對已發(fā)放的檢測報告進行實質(zhì)性修改,應(yīng)僅采用追加文件或資料更換的形式,并包括如下說明:“對某某檢測報告的補充,報告單編號等”,或其他等效的文字形式。如要發(fā)布全新的檢測報告,應(yīng)標注少有性標識,并注明所替代的原件。
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4檢測報告的修改
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5檢測報告的保存
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5.1每個實驗室應(yīng)規(guī)定其檢測報告的保存時間、文件目錄和文件類型。
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5.2所有患者的檢測報告,應(yīng)易于通過患者少有性標識(如實驗室檢索號碼或病例號)檢索。
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5.3所有檢測報告均應(yīng)妥善保管,并高效資料的保密性和完整性。
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5.4實驗室應(yīng)保留檢測報告至少 5年,與家系有關(guān)的遺傳檢測的重要記錄通常至少應(yīng)保存一代(20年)。
試劑配制區(qū)、樣本準備區(qū)、擴增和檢測區(qū)應(yīng)分別配備專用移液器。應(yīng)使用帶濾芯吸頭以防移液器管腔被氣溶膠污染。所有移液器應(yīng)定期清洗。
9檢測報告10記錄管理
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1總述
- 實驗室應(yīng)建立收集、索引、存取、保存、維護和清理檢測記錄的程序。檢測記錄可有電子版和紙版等方式,其索引清晰,易于查詢,應(yīng)存放在可防止損壞、變質(zhì)、丟失的設(shè)施中。所有記錄應(yīng)安全保護并采取保密措施,應(yīng)規(guī)定記錄的保存期限。記錄應(yīng)在授權(quán)后才允許公布。
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1總述
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2電子記錄的管理
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2.1實驗室應(yīng)有計算機系統(tǒng),包含適用的軟件和硬件,用于記錄所有樣本的檢測信息。檢測信息包括檢測申請、檢測樣本的少有標識、樣本來源、接收日期和時間、檢測數(shù)據(jù)、結(jié)果、檢測方法、檢測操作人員等。
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2.2實驗室的電子記錄應(yīng)備份,但不能儲存在同一計算機或光盤上,實驗室應(yīng)有訪問保護措施,防止未經(jīng)授權(quán)的侵入或修改。
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2.3實驗室計算機系統(tǒng)只能限于授權(quán)人使用,以高效數(shù)據(jù)的完整性、安全性和高效性。
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2.4實驗室應(yīng)有電子記錄備份的操作程序,在意外事件發(fā)生后可啟動電子數(shù)據(jù)恢復(fù)。
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2.5記錄中出現(xiàn)錯誤時,不可直接刪除,應(yīng)在相應(yīng)的位置寫出正確值,以避免原始數(shù)據(jù)的丟失或改動,對記錄的所有改動應(yīng)備注改動人的簽名或簽名縮寫及日期。
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2.6實驗室電子記錄應(yīng)保存 5年以上。
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3紙版記錄的管理
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3.1實驗室應(yīng)按規(guī)定時限保存紙版記錄。
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3.2紙版記錄內(nèi)容可包含檢測操作步驟、檢測樣本來源、少有標識、檢測人員、檢測結(jié)果、檢測時間和實驗室主管簽字等。
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3.3記錄中出現(xiàn)錯誤時不可擦涂,應(yīng)在相應(yīng)的位置寫出正確值,以避免原始數(shù)據(jù)的丟失或改動,對記錄的所有改動應(yīng)備注改動人的簽名或簽名縮寫及日期。
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3.4紙版記錄應(yīng)保存 5年以上。
- 11問題和糾正措施
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3.4紙版記錄應(yīng)保存 5年以上。
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1實驗室應(yīng)建立管理體系和程序文件,明確相應(yīng)的責(zé)任,處理并記錄來自客戶和其他方面的投訴及問題,所有投訴均應(yīng)進行調(diào)查并采取糾正措施。實驗室管理體系或技術(shù)操作中的問題,可以通過內(nèi)部或外部的審核、管理評審、客戶的反饋等途徑進行解決。
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2當(dāng)檢測體系未能滿足實驗室規(guī)定的性能指標時,應(yīng)記錄所有采取的糾正措施:
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a)儀器或方法處于操作參數(shù)或性能指標以外;
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b)檢測結(jié)果在實驗室檢測體系可報告結(jié)果范圍之外;
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c)實驗室確定的檢測程序的參考值(正常值)對檢測對象人群不適用;
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d)質(zhì)控品和對照品的結(jié)果不符合實驗室的可接受標準;
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e)試劑、樣本的保存不符合規(guī)定。
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a)儀器或方法處于操作參數(shù)或性能指標以外;
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2當(dāng)檢測體系未能滿足實驗室規(guī)定的性能指標時,應(yīng)記錄所有采取的糾正措施:
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3糾正措施應(yīng)便于獲得和執(zhí)行,以確保檢測結(jié)果和報告的正確可信。
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4應(yīng)記錄、調(diào)查、糾正在患者樣本或 PT/EQA檢測中發(fā)現(xiàn)的任何問題,以防再次發(fā)生。
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5應(yīng)記錄、調(diào)查、糾正任何由實驗室空間、人員安全條件不適所致的意外事件,以防再次發(fā)生。
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6糾正措施應(yīng)從調(diào)查問題的根本原因開始,原因分析是糾正措施的關(guān)鍵,應(yīng)仔細分析問題發(fā)生的所有潛在原因,包括但不限于:客戶要求、樣品類型、樣品規(guī)格、檢測方法和程序、人員的技能和培訓(xùn)、耗材、設(shè)備及其校準等。
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7實驗室應(yīng)對糾正措施的結(jié)果進行監(jiān)控,確認檢測體系能夠恢復(fù)到正常工作狀態(tài),以確定所采取的糾正措施有效。
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8對實驗室檢測體系出現(xiàn)的任何問題,糾正措施被確認有效前,不應(yīng)對臨床樣本進行檢測或發(fā)放報告,以避免錯誤的發(fā)生。
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9所有發(fā)現(xiàn)的問題、原因、解決方法、糾正措施和糾正后的結(jié)果均應(yīng)記錄并存檔。
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10當(dāng)檢測結(jié)果出現(xiàn)偏離或?qū)嶒炇业墓芾碇贫群统绦虍a(chǎn)生懷疑時,實驗室應(yīng)盡快對相應(yīng)程序進行審核。審核常在糾正措施實施后進行,以確定糾正措施的有效性。
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11檢測體系出現(xiàn)錯誤的潛在原因和所需改進之處均應(yīng)記錄,無論是技術(shù)方面還是管理體系方面,均應(yīng)制定預(yù)防措施以減少類似錯誤的發(fā)生。
A
A
附錄 A (規(guī)范性) 擦拭檢測污染的監(jiān)測體系
- A.1擦拭檢測的主要試劑和材料
- a) 引物;
- b) 擦拭檢測
- PCR反應(yīng)液;
- c) 瓊脂糖凝膠;
- d) 陽性對照:基因組 DNA或稀釋的 PCR產(chǎn)物。如使用 PCR產(chǎn)物,將預(yù)先擴增的 PCR產(chǎn)物梯度稀釋(1:1000到 1:1,000,000),檢測靈敏度須至少達到 1:10,000。選擇強陽性條帶的賊高稀釋度作為擦拭檢測的陽性對照品;
- e) 其他:濾紙或者棉簽、鑷子、純水、異丙醇。
- A.2擦拭檢測步驟
- A.2.1檢測點的確定 DNA提取純化區(qū)、PCR試劑配制區(qū)、潔凈區(qū)實驗臺、潔凈區(qū)地面及常用設(shè)備,均應(yīng)進行擦拭檢測。
- A.2.2擦拭步驟
- a) 鑷子用異丙醇去污,并用超純水清洗,或者使用一次性無菌棉簽;
- b) 用鑷子將直徑為
- 1.5cm的濾紙片在純水中浸濕,擦拭 10 cm 2的區(qū)域;
- c) 將濾紙或棉簽放入 1.5mL離心管中,加 120 μL超純水,漩渦振蕩;
- d) 56℃孵育
- 1 h,7000r/min離心 30s,4℃保存至使用。
- A.2.3擦拭檢測 PCR步驟
- a) 將擦拭檢測
- PCR反應(yīng)液加入 PCR管中,同樣將擦拭檢測 PCR反應(yīng)液加入到在工作區(qū)開蓋至少一天的 PCR管中(作為空氣中氣溶膠污染的檢測,即開管陰性對照);
- b) 擴增反應(yīng)包括陽性對照、陰性對照(無 DNA)、擦拭區(qū)待檢樣本、擦拭區(qū)摻入樣本的陽性對照、開管陰性對照;
- c) 用實驗室標準擴增程序擴增擦拭樣本和對照;
- d) PCR產(chǎn)物用瓊脂糖凝膠電泳進行檢測并記錄結(jié)果;
- e) 填寫實驗室污染檢測結(jié)果記錄表,見表 1。
- A.3污染區(qū)處理
表 1實驗室污染檢測結(jié)果記錄表
擦拭區(qū)域 | 擦拭區(qū)待檢樣本的 PCR結(jié)果 | 擦拭區(qū)摻入樣本的 PCR結(jié)果 |
DNA純化區(qū) | ||
PCR試劑配制區(qū) | ||
試劑準備區(qū) | ||
潔凈區(qū)地面 | ||
PCR儀 | ||
通風(fēng)櫥 /凝膠準備區(qū) | ||
擴增后區(qū)實驗臺 | ||
根據(jù)需要增加其他擦拭區(qū) | ||
本次檢測的陽性對照是否合格: | ||
本次檢測的開管陰性對照是否合格: | ||
本次檢測是否認為擦拭區(qū)無污染: |
應(yīng)首先用1 mol/L HCl或者10%漂白劑清洗污染區(qū),然后用潔凈水有效清洗干凈。在繼續(xù)進行常規(guī)檢測前,應(yīng)重復(fù)進行擦拭檢測且結(jié)果為陰性(除了擴增后區(qū)域),污染區(qū)處理后的檢測結(jié)果應(yīng)記錄在案(見表2)。
表 2污染區(qū)處理后的檢測結(jié)果記錄表
污染區(qū) | 清理日期 | 重檢結(jié)果 |
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- A.4結(jié)果判斷
- a) 在陽性對照管中應(yīng)有 PCR產(chǎn)物出現(xiàn),陰性對照管中應(yīng)無 PCR產(chǎn)物出現(xiàn);
- b) 每個擦拭檢測區(qū)域設(shè)置的“摻入樣本對照”均應(yīng)出現(xiàn) PCR產(chǎn)物,若該管無 PCR產(chǎn)物則提示 PCR反應(yīng)可能被樣本中的某些物質(zhì)所抑制,對應(yīng)的“非摻入樣本管”的結(jié)果無效;
- c) 若“非摻入樣本管”中有 PCR產(chǎn)物出現(xiàn),說明存在基因組 DNA或 PCR產(chǎn)物的污染,應(yīng)立即啟動去污染措施,并重復(fù)進行擦拭檢測以確認污染去除成功;
- d) 每次檢測均應(yīng)包括陽性對照,陽性對照可以是基因組 DNA或稀釋的 PCR產(chǎn)物,用以檢測引物是否有效;
- e) 每次檢測均應(yīng)包括陰性對照和/或開管陰性對照。陰性對照內(nèi)不含已知來源的 DNA,用以檢測試劑污染和/或氣溶膠污染(開管陰性對照)。
參考文獻
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[2] Richards, C., Bale, S., Bellissimo, D. et al. ACMG recommendations for standards for interpretation and reporting of sequence variations: Revisions 2007. Genet Med, 2008, 10: 294 –300
[3] ASHI. Standards for Accredited Laboratories, Approved by CMS. American Society for Histocompatibility and Immunogenetics, 2019[4]《檢測和校準實驗室能力的通用要求》ISO/IEC 17025: 2017[5]《醫(yī)學(xué)實驗室質(zhì)量和能力承認準則》ISO 15189: 2012, IDT[6]《醫(yī)療機構(gòu)臨床基因擴增檢驗實驗室管理辦法》(衛(wèi)辦醫(yī)政發(fā)〔2010〕194號)[7]《中華人民共和國人類遺傳資源管理條例》(中華人民共和國主管部門令〔2019〕第 717號)