【佳學(xué)基因檢測(cè)】FISH基因檢測(cè)中的探針類型選擇

FISH基因檢測(cè)中的探針選擇

根據(jù)《不同基因檢測(cè)技術(shù)的敏感性與特異性》，F(xiàn)ISH 技術(shù)中的一個(gè)重要環(huán)節(jié)是如何選擇合適的探針，這決定了患者的測(cè)試價(jià)值。 每種類型的 FISH 探針都可以檢測(cè)不同的染色體畸變。 圖 1A-G 顯示了不同類型 FISH 探針的實(shí)際使用示例。 位點(diǎn)特異性探針可用于評(píng)估靶標(biāo)的額外拷貝數(shù)。 建立擴(kuò)增狀態(tài)需要兩個(gè)不同標(biāo)記的基因座、目標(biāo)區(qū)域和對(duì)照區(qū)域。 擴(kuò)增的決定性因素是比率參數(shù)。 它是紅色標(biāo)記的測(cè)試基因信號(hào)總數(shù)除以綠色標(biāo)記的對(duì)照序列信號(hào)總數(shù)的商。 賊小結(jié)果 2.0 證實(shí)擴(kuò)增。

圖1:熒光原位雜交 (FISH) 在 FFPE 材料實(shí)體瘤遺傳診斷基因檢測(cè)中的應(yīng)用：A—1p/19q 探針：a-1 1p32 位點(diǎn)缺失、a-2 正常信號(hào)模式（左側(cè)細(xì)胞）和 19q13 缺失 基因座（右側(cè)細(xì)胞），a-3 正常信號(hào)模式（Abbott Molecular），B—雙融合探針：COL1A1 和 PDGFB 基因座的融合和正常信號(hào)模式（ZytoVision），C—分離探針：c-1 重排 ALK 基因，c-2 正常信號(hào)模式（雅培分子），D—分解探針：EWSR1 位點(diǎn)重排（雅培分子），F(xiàn)—分解探針：ROS1 基因的 f-1 重排，f-2 正常信號(hào)模式（ Empire Genomics），G—基因座特異性探針：HER2 基因座的 g-1 擴(kuò)增，g-2 正常信號(hào)模式（雅培分子），E—分解探針：SS18 基因座的正常信號(hào)模式（雅培分子）。 大多數(shù)探針以紅色表示感興趣區(qū)域，以綠色表示對(duì)照區(qū)域，不包括圖片 B，其中紅色表示 COL1A1 基因位點(diǎn)，綠色表示 PDGFB 基因位點(diǎn)，黃色表示 COL1A1-PDGFB 和 PDGFB-COL1A1 的融合。 

FISH技術(shù)在實(shí)體瘤基因檢測(cè)中的應(yīng)用

腫瘤類型	診斷價(jià)值	預(yù)后價(jià)值	預(yù)測(cè)值	可用的 FISH 探針
肺癌 ALK、 ROS1	不	是的	是的 克唑替尼	? Vysis ALK 分離 FISH 探針試劑盒 (Abbott Molecular)  ? Vysis 6q22 ROS1分離 FISH 探針 (Abbott Molecular) ? ROS1 分離 FISH 探針 (Empire Genomics)
膠質(zhì)瘤 1p19q 共同缺失	是的	是的	不	? Vysis LSI 1p36 SpectrumOrange/1q25 SpectrumGreen 探針和 Vysis LSI 19q13 SpectrumOrange/19p13 SpectrumGreen 探針 (Abbott Molecular)
乳腺癌 HER2	不	是的	是的 曲妥珠單抗、 拉帕替尼	? PathVysion HER-2 DNA 探針試劑盒 (Abbott Molecular)
卵巢癌 CCNE1	不	是的	是 鉑類藥物	? CCNE1/CEN19p FISH 探針 (Abnova)
尤文肉瘤 EWSR1	是的	是的	不	? Vysis EWSR1 分離 FISH 探針試劑盒 (Abbott Molecular)
滑膜肉瘤 SS18	是的	是的	不	? Vysis SS18 分離 FISH 探針套件 (Abbot Molecular)
隆突性皮膚纖維肉瘤 COL1A1-PDGFB	不	是的	是 TKI （伊馬替尼）	? SPEC COL1A1-PDGFB 雙色雙融合 (ZytoLight)

位點(diǎn)特異性探針還可用于評(píng)估基因組中染色體序列的丟失。 如《不同基因檢測(cè)技術(shù)的敏感性與特異性》所述，探針由兩個(gè)不同標(biāo)記的區(qū)域組成：目標(biāo)基因座和對(duì)照基因座。 當(dāng)具有主導(dǎo)控制基因座信號(hào)的細(xì)胞數(shù)量超過具有主導(dǎo)靶基因座信號(hào)的細(xì)胞數(shù)量時(shí)，報(bào)告缺失。 應(yīng)分別計(jì)算每個(gè)組織學(xué)樣本的截止值。

與上述類型的探針不同的是用于檢測(cè)染色體重排的探針。 這些探針之一，即雙色探針，包含兩個(gè)基因靶標(biāo)。 由于這些靶標(biāo)內(nèi)部的斷裂以及它們的兩半之間的交換，出現(xiàn)了兩次融合，這是染色體水平上易位的證據(jù)。 在分裂型探針的情況下，兩種對(duì)比熒光染料與同一基因的兩個(gè)遠(yuǎn)端互補(bǔ)，與目標(biāo)賊常見的斷點(diǎn)保持密切關(guān)系。