【佳學(xué)基因檢測(cè)】在LINUX操作界面讀取數(shù)據(jù)庫(kù)中的基因檢測(cè)數(shù)據(jù)

BASH語(yǔ)句、命令介紹

Bash (GNU Bourne-Again Shell) 是許多Linux發(fā)行版的默認(rèn)Shell 。事實(shí)上，還有許多傳統(tǒng)UNIX上用的Shell，例如tcsh、csh、ash、bsh、ksh等等，Shell Script大致都類同，當(dāng)您學(xué)會(huì)一種Shell以后，其它的Shell會(huì)很快就上手，大多數(shù)的時(shí)候，一個(gè)Shell Script通?？梢栽诤芏喾NShell上使用。

bash是大多數(shù)Linux系統(tǒng)以及Mac OS X默認(rèn)的shell，它能運(yùn)行于大多數(shù)類Unix風(fēng)格的操作系統(tǒng)之上，甚至被移植到了Microsoft Windows上的Cygwin系統(tǒng)中，以實(shí)現(xiàn)Windows的POSIX虛擬接口。此外，它也被DJGPP項(xiàng)目移植到了MS-DOS上。

bash的命令語(yǔ)法是Bourne shell命令語(yǔ)法的超集。數(shù)量龐大的Bourne shell腳本大多不經(jīng)修改即可以在bash中執(zhí)行，只有使用了Bourne的特殊變量或內(nèi)置命令的腳本才需要修改。 bash的命令語(yǔ)法很多來(lái)自Korn shell (ksh) 和 C shell (csh)，例如命令行編輯，命令歷史，目錄棧，$RANDOM 和 $PPID 變量，以及POSIX的命令置換語(yǔ)法： $(...)。作為一個(gè)交互式的shell，按下TAB鍵即可自動(dòng)補(bǔ)全已部分輸入的程序名、文件名、變量名等等。

如何采用循環(huán)語(yǔ)句一次性獲得多個(gè)基因檢測(cè)數(shù)據(jù)庫(kù)數(shù)據(jù)？

#!/bin/bash ###進(jìn)入bash目錄
mkdir data ###創(chuàng)建data文件夾

cd data ###轉(zhuǎn)向數(shù)據(jù)文件夾

for i in `seq 25 40`; #### 創(chuàng)建反復(fù)讀取文件名尾數(shù)從25到40

do ####循環(huán)開(kāi)始

mkdir DRR0161${i}; ###創(chuàng)建子文件夾

cd DRR0161${i}; ###進(jìn)入到子文件夾

wget ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/DRR016/DRR0161${i}/DRR0161${i}_1.fastq.gz; ####根據(jù)生成地址名，并從地址名下載基因檢測(cè)數(shù)據(jù)一端

wget ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/DRR016/DRR0161${i}/DRR0161${i}_2.fastq.gz; #####生成地址名，并從地址名下載基因檢測(cè)數(shù)據(jù)另一個(gè)讀取文件

cd ..; ###返回到數(shù)據(jù)文件夾

done ####循環(huán)結(jié)束

cd ..

(責(zé)任編輯：佳學(xué)基因)

【佳學(xué)基因檢測(cè)】在LINUX操作界面讀取數(shù)據(jù)庫(kù)中的基因檢測(cè)數(shù)據(jù)

【佳學(xué)基因檢測(cè)】在LINUX操作界面讀取數(shù)據(jù)庫(kù)中的基因檢測(cè)數(shù)據(jù)

BASH語(yǔ)句、命令介紹

如何采用循環(huán)語(yǔ)句一次性獲得多個(gè)基因檢測(cè)數(shù)據(jù)庫(kù)數(shù)據(jù)？

BASH語(yǔ)句、命令介紹