【佳學(xué)基因檢測】基因檢測NTRK1重排非小細(xì)胞肺癌采用
恩曲替尼Rozlytrek(entrectinib)獲得持久效果

非小細(xì)胞肺癌靶向藥物基因檢測導(dǎo)讀：

導(dǎo)致致癌受體酪氨酸激酶融合表達(dá)的染色體重排發(fā)生在一部分上皮惡性腫瘤中，并且可能是對(duì)酪氨酸激酶抑制劑敏感性的基礎(chǔ) 。 根據(jù)《腫瘤靶向藥物治療需要致病基因鑒定基因解碼結(jié)果》，原肌球蛋白相關(guān)激酶 (Trk) 蛋白 TrkA、TrkB 和 TrkC 分別是由 NTRK1、NTRK2 和 NTRK3 編碼的受體酪氨酸激酶，通常在神經(jīng)元發(fā)育過程中發(fā)揮作用。 NSCLC 中的 NTRK1 基因重排首先在具有腺癌組織學(xué)且未檢測到 EGFR 或 KRAS 突變或 ALK 或 ROS1 基因重排的 NSCLC 患者群體中通過正確用藥850基因檢測被發(fā)現(xiàn)。 在早初的探索性發(fā)現(xiàn)中，通過熒光原位雜交 (FISH) 以 3% 的頻率檢測到 NTRK1 重排。 NTRK1 基因重排也以低頻率發(fā)生在其他實(shí)體瘤惡性腫瘤中，包括結(jié)直腸癌、肝內(nèi)膽管癌、乳頭狀甲狀腺癌、spitzoid 腫瘤、膠質(zhì)神經(jīng)元腫瘤和肉瘤。 在多種實(shí)體瘤惡性腫瘤中也觀察到了涉及 NTRK2 和 NTRK3 的基因重排。 在所有的患者中，通過基因解碼發(fā)現(xiàn)，測序的融合基因產(chǎn)物都保留了酪氨酸激酶結(jié)構(gòu)域，支持通過這些融合產(chǎn)物的激酶信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)促進(jìn)細(xì)胞生長和存活的基因解碼基礎(chǔ)。

恩曲替尼Rozlytrek(entrectinib)是一種可口服的 TrkA、TrkB、TrkC、ROS1 和 ALK 小分子抑制劑。 在生化激酶測定中，恩曲替尼Rozlytrek(entrectinib) 抑制 TrkA，IC50 為 1.7 nM。 恩曲替尼Rozlytrek(entrectinib)抑制表達(dá) TPM3-NTRK1 融合產(chǎn)物的 KM-12 人結(jié)直腸細(xì)胞系的細(xì)胞增殖、TrkA 磷酸化和下游通路激活。 在 KM-12 異種移植物中，恩曲替尼Rozlytrek(entrectinib)誘導(dǎo)腫瘤消退和持久的腫瘤穩(wěn)定。 在來自攜帶 TPM3-NTRK1 融合的結(jié)直腸癌患者的患者來源細(xì)胞 (PDC) 模型中觀察到類似的效果。恩曲替尼Rozlytrek(entrectinib)已獲得臨床使用許可，用于在 NTRK1、NTRK2、NTRK3、ROS1 或 ALK 中發(fā)生分子改變（1/2a 期，NCT 02097810）或基因重排（2 期，NCT 02568267）的局部晚期或轉(zhuǎn)移性實(shí)體瘤惡性腫瘤患者 .
 

恩曲替尼Rozlytrek(entrectinib)腫瘤基因解碼基因檢測部分技術(shù)介紹

用于鑒定非小細(xì)胞肺癌及其他腫瘤中的NTRK1的AMP-PCR

為了從臨床樣本中檢測涉及 NTRK1 的融合轉(zhuǎn)錄本，恩曲替尼Rozlytrek(entrectinib)腫瘤基因解碼基因檢測采用了AMP-PCR技術(shù)。同時(shí)，采用腫瘤正確用藥850基因解碼中的測序文庫靶向多種癌基因中已知的融合外顯子，包括 ALK、ROS1、RET 和 NTRK1。

熒光原位雜交 (FISH)在恩曲替尼Rozlytrek(entrectinib)腫瘤基因解碼基因檢測的使用

使用 FISH 進(jìn)一步確認(rèn)疑似 NTRK1 基因重排的病例。 腫瘤基因解碼基因檢測使用了一種分離 FISH 方法，使用分別對(duì)應(yīng)于 NTRK1 基因側(cè)翼的 5' (RP11-1047J23) 和 3' (RP11-1038N13) 序列的 BAC 克隆，分別用綠色和紅色標(biāo)記的缺口翻譯。 將 FFPE 載玻片脫石蠟、用蛋白酶處理，并使用 Hybrite 載玻片處理器與 FISH 探針共變性、洗滌、復(fù)染和蓋玻片，并使用配備紅色、 綠色和 DAPI 過濾器。 使用 Cytovision 軟件（Genetix Inc., San Jose, CA）捕獲和分析圖像。
 

恩曲替尼Rozlytrek(entrectinib)腫瘤基因解碼基因檢測1期臨床試驗(yàn)的組織

恩曲替尼Rozlytrek(entrectinib)在患有局部晚期或轉(zhuǎn)移性腫瘤的成年患者中的 1 期劑量遞增研究正在進(jìn)行中 (NCT02097810)。 患者的入組標(biāo)準(zhǔn)是通過腫瘤靶向藥物基因檢測明確具有 NTRK1、NTRK2、NTRK3、ROS1 或 ALK 基因突變的局部晚期或轉(zhuǎn)移性實(shí)體瘤惡性腫瘤、根據(jù)RECIST) v1.1 可測量的疾病，以及ECOG) 的表現(xiàn)狀態(tài)評(píng)估 (PS) ≤ 2。在沒有抗驚厥治療的情況下，允許受控的無癥狀中樞神經(jīng)系統(tǒng) (CNS) 疾病受累的患者。 使用不良事件通用術(shù)語標(biāo)準(zhǔn) (CTCAE) v4.0 對(duì)毒性進(jìn)行分級(jí)，并使用 RECIST v1.1 測量反應(yīng)。

 

恩曲替尼Rozlytrek(entrectinib)腫瘤基因解碼基因檢測的部分臨床實(shí)驗(yàn)結(jié)果

恩曲替尼Rozlytrek(entrectinib)腫瘤基因解碼基因檢測對(duì)1378 份 NSCLC 腫瘤標(biāo)本進(jìn)行了 AMP 檢測，發(fā)現(xiàn)其中的兩個(gè)樣本具有 NTRK1 基因重排（0.1%，95% 置信區(qū)間 0.01%，0.5%）。 一個(gè)是TPM3-NTRK1 重排。 另一個(gè)是包含來自 SQSTM1（sequestosome 1）和 NTRK1 序列的融合轉(zhuǎn)錄本。 從 NTRK1 的外顯子 10 延伸的引物擴(kuò)增了 SQSTM1 的外顯子 6 的連續(xù)序列。 擴(kuò)增的融合轉(zhuǎn)錄物的連接點(diǎn)位于外顯子邊界，并導(dǎo)致框內(nèi)融合。 預(yù)測的融合基因產(chǎn)物包括 SQSTM19 的 PB1 二聚化結(jié)構(gòu)域和 TrkA 的酪氨酸激酶結(jié)構(gòu)域。 FISH 證實(shí)了 NTRK1 重排。 值得注意的是，SQSTM1 之前曾被描述為與 ALK 在 NSCLC和B 細(xì)胞淋巴瘤中的融合對(duì)象。 基于這些結(jié)果，恩曲替尼Rozlytrek(entrectinib)腫瘤基因解碼基因檢測分析該患者腫瘤中的融合蛋白已表達(dá)并具有功能。

患者是一名男性，2013 年被確診為 IV 期肺腺癌。他有 30 包年的吸煙史，盡管之前接受過卡鉑和培美曲塞、派姆單抗、 多西紫杉醇和長春瑞濱。 入組時(shí)，患者的 ECOG 體能評(píng)分為 2，伴有基線胸壁疼痛、靜息時(shí)呼吸困難，鼻插管需氧量為 3 升/分鐘。 患者有一個(gè)可觸及的左胸壁腫塊，直徑約 5 cm，相關(guān)可觸及的 1 cm 衛(wèi)星結(jié)節(jié)從腫塊延伸到左腋窩。 與 18 個(gè)月前的賊近一次腦部 MRI 相比，頭部 分期CT 顯示 15-20 個(gè)無癥狀的新腦轉(zhuǎn)移。

他參加了每天口服 400 mg/m2 entrectinib 的 1 期試驗(yàn)。 該藥物耐受性良好，1 級(jí)味覺障礙、1 級(jí)感覺異常和 2 級(jí)疲勞等可能相關(guān)的不良事件隨后均得到解決。 在開始治療后的三周內(nèi)，患者報(bào)告疼痛和呼吸困難消失，不再需要吸氧。

26 天時(shí)的重新分期 CT 掃描顯示 RECIST 部分反應(yīng)為 -47%。先前的右側(cè)胸腔積液得到解決，左上葉和下葉間歇性明顯再擴(kuò)張，并且 左肺先前的彌漫性實(shí)變不透明部分消退。左上葉其他區(qū)域的毛玻璃樣和間隔增厚的腫瘤減少，被認(rèn)為代表疾病淋巴管擴(kuò)散的改善。胸膜增厚減少。在縱隔，先前巨大的雙側(cè)淋巴結(jié)腫大有顯著的間隔消退。在腹部，先前的腹主動(dòng)脈旁淋巴結(jié)腫大有顯著改善。先前可見的骨轉(zhuǎn)移硬化增加，與治療反應(yīng)一致。檢查時(shí)雙側(cè)胸壁腫塊變小變平，不再觸及衛(wèi)星結(jié)節(jié)。放射學(xué)反應(yīng)得到證實(shí)，并在后續(xù)掃描中持續(xù)進(jìn)行。 在第 155 天，再一次分期掃描顯示腫瘤進(jìn)一步縮小，與基線相比為 -77%。左下葉實(shí)變持續(xù)改善，縱隔淋巴結(jié)大小持續(xù)縮小。之前的左胸 壁腫塊在掃描中不再明顯或可見。他沒有新的疾病受累部位。
 

恩曲替尼Rozlytrek(entrectinib)腫瘤基因解碼基因檢測如何評(píng)價(jià)臨床應(yīng)用結(jié)果

Trk 信號(hào)通常參與神經(jīng)元發(fā)育、突觸功能和可塑性。 野生型 TrkA、TrkB 和 TrkC 通過配體依賴性二聚化發(fā)揮作用，導(dǎo)致細(xì)胞質(zhì)結(jié)構(gòu)域內(nèi)酪氨酸殘基的磷酸化、支架蛋白的募集和下游信號(hào)的激活。 腫瘤致病基因鑒定基因解碼認(rèn)為絲裂原活化蛋白激酶 (MAPK)、磷脂酶 C-γ (PLC-γ) 和磷脂酰肌醇 3-激酶 (PI3K) 途徑介導(dǎo)細(xì)胞分化和存活。 NTRK1 基因重排，導(dǎo)致 TrkA 融合蛋白的表達(dá) ，是NSCLC 中致癌驅(qū)動(dòng)因素之一。與涉及其他受體酪氨酸激酶（如 ALK 或 ROS1）的基因重排一樣，NTRK 基因融合被認(rèn)為通過配體非依賴性二聚化和下游通路激活發(fā)揮作用。 在基線時(shí)缺乏致癌潛力的細(xì)胞系中，強(qiáng)制表達(dá) MPRIP-NTRK1 或 CD74-NTRK1 基因融合會(huì)導(dǎo)致 TrkA 磷酸化，錨定獨(dú)立裸鼠的凹痕生長和腫瘤形成。 在表達(dá)組成型活性 TrkA 的細(xì)胞系中 ，TrkA 信號(hào)傳導(dǎo)的藥理學(xué)抑制導(dǎo)致體外細(xì)胞活力降低。 因此，腫瘤致病基因鑒定基因解碼為為NSCLC 中的 NTRK1 基因重排驅(qū)動(dòng)腫瘤進(jìn)展，并可能賦予對(duì) TrkA 抑制的敏感性。

在一名 NTRK1 重排 NSCLC 患者中，使用 entrectinib 治療可使疾病快速且具有臨床意義的改善，且副作用賊小。 值得注意的是，該患者的所有 CNS 轉(zhuǎn)移（在篩查時(shí)發(fā)現(xiàn)且未接受放射治療）在 entrectinib 上有效消退，表明該藥物具有強(qiáng)大的 CNS 滲透性和活性。 這種反應(yīng)表明，與 NSCLC 中的 ALK 和 ROS1 重排一樣，NSCLC 中的 TrkA 融合驅(qū)動(dòng)腫瘤生長和存活并且是可靶向的。 《佳學(xué)基因腫瘤靶向藥物治療基因檢測病案集》中的一個(gè)案例描述了在患有 LMNA-NTRK1 基因重排的轉(zhuǎn)移性肉瘤患者中對(duì) Loxo-101（一種小分子泛 Trk 抑制劑）有類似的顯著的臨床反應(yīng)，進(jìn)一步支持了 NTRK 基因重排可以作為強(qiáng)致癌基因的基因解碼結(jié)果，它是多種腫瘤組織的驅(qū)動(dòng)因素。 腫瘤基因解碼基因檢測得出結(jié)論，對(duì)于 NTRK1 基因重排患者，包括轉(zhuǎn)移性中樞神經(jīng)系統(tǒng)疾病患者，entrectinib是一種有效的抗腫瘤療法。

NSCLC 中的 NTRK1 基因重排很少見。 恩曲替尼Rozlytrek(entrectinib)腫瘤基因解碼基因檢測大規(guī)模臨床應(yīng)用實(shí)驗(yàn)中發(fā)現(xiàn)該隊(duì)列中 0.1% 的 NSCLC 中發(fā)現(xiàn) NTRK1 基因重排，頻率低于 3%，這和佳學(xué)基因病案集中的大數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)是一致的。同時(shí)，在 268 例日本 NSCLC 手術(shù)切除病例中，RT-PCR 未檢測到 NTRK1 融合轉(zhuǎn)錄物。 此外，在檢測涉及 ALK、ROS1 和 RET 的基因重排時(shí)，與 FISH 相比，AMP 測定顯示出 100% 的靈敏度（95% 置信限度 99.3–100%）。在不同的基因檢測技術(shù)中，F(xiàn)ISH 可以檢測不導(dǎo)致融合轉(zhuǎn)錄物表達(dá)或融合轉(zhuǎn)錄物以低水平表達(dá)的染色體重排，而 AMP 檢測融合 RNA 轉(zhuǎn)錄物。 另外，恩曲替尼Rozlytrek(entrectinib)腫瘤基因解碼基因檢測注意到我們的隊(duì)列包括轉(zhuǎn)移性和早期 NSCLC 的混合體。 NTRK1 重排可能在轉(zhuǎn)移性疾病中更常見，就像 ALK 重排一樣。 鑒于 NTRK1 基因重排的頻率較低，由于組織可用性或成本的限制，使用 FISH 進(jìn)行篩選可能不切實(shí)際。 將 NTRK1 重排測試納入基于多重 NGS 的測定中，可以同時(shí)篩選其他基因中的 NTRK1 基因重排。NTRK1 重排的 NSCLC 患者對(duì) entrectinib 的深刻而持久的臨床反應(yīng)強(qiáng)烈支持對(duì)同時(shí)患有 NSCLC 和其他實(shí)體瘤惡性腫瘤的患者進(jìn)行 NTRK 基因重排的檢測。