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【佳學(xué)基因檢測(cè)】肺癌靶向藥物基因檢測(cè)為什么要包含RET重排

個(gè)性化藥物治療肺癌患者的約來(lái)越常見(jiàn)的做法是利用分子靶向藥物和免疫檢查點(diǎn)抑制劑,這些藥物具有良好的治療反應(yīng)率和長(zhǎng)期預(yù)后。迄今為止,美國(guó)食品藥品監(jiān)督管理局(FDA)及中國(guó)食藥局已

佳學(xué)基因檢測(cè)】肺癌靶向藥物基因檢測(cè)為什么要包含RET重排


肺癌靶向藥物基因檢測(cè)導(dǎo)讀:

個(gè)性化藥物治療肺癌患者的約來(lái)越常見(jiàn)的做法是利用分子靶向藥物和免疫檢查點(diǎn)抑制劑,這些藥物具有良好的治療反應(yīng)率和長(zhǎng)期預(yù)后。迄今為止,美國(guó)食品藥品監(jiān)督管理局(FDA)及中國(guó)食藥局已批準(zhǔn)針對(duì)表皮生長(zhǎng)因子受體(EGFR)突變、間變性淋巴瘤激酶(ALK)融合基因、ROS1、BRAF、MET外顯子14跳躍突變、RET融合基因及其相應(yīng)的分子靶向藥物。此外,KRAS突變、EGFR和HER2外顯子20插入及其相應(yīng)的分子靶向藥物也經(jīng)進(jìn)入基因解碼的分析評(píng)估范圍,并指導(dǎo)藥物的選擇使用。

然而,在佳學(xué)基因等基因解碼機(jī)構(gòu)面向公眾提供高質(zhì)量基因檢測(cè)的之前,患者的治療可能會(huì)在沒(méi)有檢測(cè)到罕見(jiàn)突變的情況下進(jìn)行。據(jù)佳學(xué)基因腫瘤靶向用藥基因檢測(cè)大數(shù)據(jù)分析,惡性腫瘤和細(xì)胞毒性藥物的治療效果可能因基因突變類型的不同而有所不同。因此,即使是突變陽(yáng)性的晚期肺腺癌,也可以在不使用分子靶向藥物的情況下維持長(zhǎng)期的臨床進(jìn)展。特別是在治療初期成功的情況下,由于在長(zhǎng)期存放的情況下,核酸質(zhì)量會(huì)發(fā)生改變,前期獲得的樣本可能不適合進(jìn)行腫瘤基因面板或者是基因檢測(cè)包檢測(cè)。此外,由于病變可能因治療而發(fā)生變化,選擇同一位置進(jìn)行再次活檢可能會(huì)很困難。佳學(xué)基因在案例集中有,在初始診斷七年后再次活檢后,通過(guò)基因面板檢測(cè)可檢測(cè)到RET融合。連續(xù)使用分子靶向藥物塞爾帕替尼selpercatinib顯示出明顯的療效。

肺癌靶向藥物塞爾帕替尼

塞爾帕替尼是一種分子靶向藥物,屬于酪氨酸激酶抑制劑(tyrosine kinase inhibitor,TKI)的一種。它主要用于治療某些惡性腫瘤中的特定基因變異,如RET融合基因陽(yáng)性的肺癌、甲狀腺癌和其他實(shí)體瘤。

塞爾帕替尼的作用機(jī)理是通過(guò)抑制腫瘤細(xì)胞中的激酶活性,特別是靶向RET激酶。RET是一種酪氨酸激酶受體,在正常情況下參與細(xì)胞生長(zhǎng)和分化的調(diào)控。然而,在某些癌癥中,RET基因可能發(fā)生融合,導(dǎo)致異常激活和增強(qiáng)的信號(hào)傳導(dǎo),促進(jìn)腫瘤的生長(zhǎng)和擴(kuò)散。塞爾帕替尼通過(guò)抑制RET激酶的活性,阻斷異常的信號(hào)傳導(dǎo)通路,從而抑制腫瘤的增殖和生存能力。

塞爾帕替尼具有高度的選擇性,主要針對(duì)RET激酶,對(duì)其他酪氨酸激酶(如EGFR、ALK等)的抑制作用較低。這種高度選擇性有助于減少不必要的副作用,并提高治療的有效性。

總的來(lái)說(shuō),塞爾帕替尼是一種靶向RET激酶的分子靶向藥物,通過(guò)抑制異常的信號(hào)傳導(dǎo)通路,抑制腫瘤的增殖和生存能力,從而在RET融合基因陽(yáng)性的肺癌、甲狀腺癌和其他實(shí)體瘤的治療中顯示出顯著的療效。

佳學(xué)基因使用過(guò)去貯存的肺癌腫瘤進(jìn)行基因檢測(cè)并找到靶向藥物的啟示

很多基因檢測(cè)機(jī)構(gòu)只進(jìn)行單基因、單位點(diǎn)突變檢測(cè),單基因突變通常通過(guò)單重PCR方法進(jìn)行檢測(cè)。PCR具有高靈敏度和特異性、快速反應(yīng)時(shí)間和相對(duì)較低的成本,主要用于檢測(cè)EGFR基因的突變,因此得到了廣泛應(yīng)用。然而,隨著過(guò)去五年來(lái)基因解碼技術(shù)的推廣及普及,更多的肺癌驅(qū)動(dòng)基因被發(fā)現(xiàn)并且用于研發(fā)腫瘤靶向藥物。由于時(shí)間和樣本消耗的限制,依次檢測(cè)測(cè)單個(gè)基因突變變得不切實(shí)際。早在2014年,佳學(xué)基因例便推出了基檢測(cè)包,臨床醫(yī)院推出基因面板檢測(cè),可以同時(shí)評(píng)估850個(gè)以上的癌癥相關(guān)的基因,類似的基因檢測(cè)項(xiàng)目在美國(guó)也已經(jīng)出現(xiàn),并且是美國(guó)食品藥品監(jiān)督管理局(FDA)批準(zhǔn)的非小細(xì)胞肺癌測(cè)試中的首批NGS面板之一。然而,高通量腫瘤靶向藥物基因檢測(cè)需要收集組織樣本中足夠的惡性細(xì)胞并經(jīng)過(guò)嚴(yán)格的實(shí)驗(yàn)流程進(jìn)行樣本處理。此外,如果樣本收集后未經(jīng)特殊儀器保存,會(huì)出現(xiàn)核酸的降解。由于核酸質(zhì)量的惡化,樣本通常不再適合進(jìn)行基因面板測(cè)試。佳學(xué)基因的病例中有的初步診斷已超過(guò)7年,在假設(shè)在這段時(shí)間內(nèi)核酸質(zhì)量可能已經(jīng)惡化的情況下,佳學(xué)基因進(jìn)行了原發(fā)病灶的再活檢。

這是一個(gè)罕見(jiàn)的病例,對(duì)于原發(fā)病灶,細(xì)胞毒性化療和隨后的維持治療非常有效。通常,對(duì)于突變陽(yáng)性晚期肺腺癌,細(xì)胞毒性化療的無(wú)進(jìn)展生存期約為6個(gè)月,繼續(xù)治療往往很少超過(guò)一年。即使在超越疾病進(jìn)展(beyond-PD)之后繼續(xù)治療,在大多數(shù)情況下,由于全身性疾病的惡化,不可避免地需要調(diào)整治療方案。沒(méi)有使用分子靶向藥物的具有基因突變的肺腺癌的患者預(yù)后通常較差,但也有一些病例在很長(zhǎng)時(shí)間內(nèi)觀察到腫瘤發(fā)展。特別是,據(jù)報(bào)道,RET融合肺癌顯示出較緩慢的臨床進(jìn)展。因此,與佳學(xué)基因本例的患者一樣,在長(zhǎng)期臨床過(guò)程中使用其他基因檢測(cè)機(jī)構(gòu)沒(méi)有檢測(cè)到罕見(jiàn)突變的病例是存在的。

塞爾帕替尼與其他分子靶向治療類似,具有足夠的全身效應(yīng),包括對(duì)腦轉(zhuǎn)移的治療作用。通常,對(duì)于基因突變陽(yáng)性肺腺癌的一線治療是相應(yīng)的分子靶向藥物;然而,這個(gè)案例表明,當(dāng)通過(guò)順序治療以追求最長(zhǎng)的總生存期時(shí),藥物使用順序可能很重要。在一項(xiàng)針對(duì)RET陽(yáng)性肺癌的3期研究中,將闡明分子靶向藥物的療效,以及與細(xì)胞毒性藥物的治療效果。值得注意的是,佳學(xué)基因能夠從7年前的胸腔積液細(xì)胞塊中提取RNA,并檢測(cè)到RET融合,這些細(xì)胞塊含有較低比例的惡性細(xì)胞。

佳學(xué)基因肺癌患者臨床狀況介紹

一名67歲的男性,從未吸煙,無(wú)顯著病史,因?yàn)樽髠?cè)大量胸腔積液(圖1A)被轉(zhuǎn)診至佳學(xué)基因腫瘤基因檢測(cè)病例交換醫(yī)院。對(duì)左側(cè)胸腔積液進(jìn)行的細(xì)胞學(xué)評(píng)估顯示V級(jí)腺癌,與細(xì)胞塊病理評(píng)估一致。使用滑石粉進(jìn)行胸膜固定后,肺部膨脹良好,左S1 + 2a處出現(xiàn)一顆25×17mm的結(jié)節(jié),被認(rèn)為是原發(fā)病灶(圖1B)。臨床上,他被診斷為腺癌T1cN3M1a,IVA期。初次基因突變篩查進(jìn)行于七年前,使用其他機(jī)構(gòu)的進(jìn)行的EGFR突變和ALK免疫組化(IHC)測(cè)試結(jié)果均為陰性。

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圖1:在第一次就診到開(kāi)始進(jìn)行第二次治療期間,患者7年間原發(fā)病灶的順序圖像

一線治療包括卡鉑+培美曲塞+貝伐單抗,經(jīng)過(guò)4個(gè)療程后獲得近乎有效緩解(CR),但鼻出血仍然持續(xù),僅進(jìn)行培美曲塞維持治療。在維持治療的25個(gè)療程中實(shí)現(xiàn)了CR(圖1C),但由于腎功能輕微惡化,治療暫時(shí)中斷。治療結(jié)束后一年,CT顯示原發(fā)病灶輕微進(jìn)展(圖1D),但反復(fù)速度較慢。確認(rèn)CT反復(fù)一年后(圖1E),重新開(kāi)始培美曲塞單藥治療,原發(fā)病灶和淋巴結(jié)減?。▓D1F)。然而,在進(jìn)行了32個(gè)維持治療療程后,出現(xiàn)了快速的全身進(jìn)展。由于原發(fā)病灶再生(圖1G)、對(duì)側(cè)肺轉(zhuǎn)移、多發(fā)性肝轉(zhuǎn)移、右側(cè)腎上腺轉(zhuǎn)移和多發(fā)性腦轉(zhuǎn)移(圖2A、B),需要調(diào)整他的治療方案。

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圖2:使用二線治療塞爾帕替尼的腦轉(zhuǎn)移療效

通過(guò)支氣管鏡對(duì)原發(fā)病灶進(jìn)行再活檢,細(xì)胞學(xué)評(píng)估顯示V級(jí)腺癌,組織學(xué)評(píng)估證實(shí)了這一結(jié)果。腫瘤正確用藥850基因檢測(cè)確認(rèn)患者為RET融合基因陽(yáng)性,隨后于第二天給予240mg塞爾帕替尼。第13天的CT顯示與基線影像相比(圖1H),所有轉(zhuǎn)移病灶,包括腦轉(zhuǎn)移(圖2C、D),均有良好的全身反應(yīng)。由于2級(jí)肝酶升高,繼續(xù)給予劑量減少的塞爾帕替尼(每天160mg)。使用高敏感度的下一代測(cè)序(NGS)面板系統(tǒng):肺癌緊湊面板,并使用細(xì)胞學(xué)刷液進(jìn)行RNA檢測(cè),證實(shí)了融合基因KIF5B外顯子15;RET外顯子12(K15RET12)。腫瘤正確藥基因解碼基因檢測(cè)還能夠從7年前的胸腔積液細(xì)胞塊的福爾馬林固定石蠟包埋(FFPE)標(biāo)本中進(jìn)一步確認(rèn)RET(圖3A、B),這些標(biāo)本在惡性細(xì)胞的形態(tài)學(xué)上與再活檢樣本相似,具有大核仁(圖3C、D)。從初始細(xì)胞塊樣本中收集到的RNA(1256ng)具有RNA整合數(shù)(RIN)值為4.8。單重PCR和NGS檢測(cè)均檢測(cè)到了K15RET12融合峰(圖3)。

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圖3 第一次診斷細(xì)胞塊的病理學(xué)發(fā)現(xiàn)顯示腺癌,并伴有許多淋巴細(xì)胞(A、B,H&E染色,原始放大倍數(shù)×400)。再次活檢樣本顯示有肺泡和導(dǎo)管結(jié)構(gòu)的腺癌(C、D,H&E染色,原始放大倍數(shù)分別為×200和×400)。通過(guò)PCR/NGS檢測(cè)從第一次診斷標(biāo)本中檢測(cè)到了融合KIF5B外顯子15;RET外顯子12,再活檢標(biāo)本則通過(guò)NGS檢測(cè)。

佳學(xué)基因還通過(guò)基因檢測(cè)獲得了有關(guān)PCR和NGS技術(shù)的額外信息。使用SYBR Green實(shí)時(shí)PCR分析和熔解曲線分析,檢測(cè)存檔的細(xì)胞塊樣本中的RET融合。采用KOD SYBR® qPCR/RT試劑盒(Toyobo)進(jìn)行逆轉(zhuǎn)錄和實(shí)時(shí)PCR。這些分析按照制造商的方案進(jìn)行。非腫瘤野生型樣本被并行作為陰性對(duì)照進(jìn)行分析。從熔解曲線色譜圖中78度的峰值是檢測(cè)融合陽(yáng)性的標(biāo)準(zhǔn)。此外,通過(guò)對(duì)qPCR產(chǎn)物進(jìn)行NGS測(cè)序(Illumina Miseq 150 paired-end),確認(rèn)了融合邊界的序列。

對(duì)存檔的第一次診斷樣本還進(jìn)行了肺癌緊湊面板檢測(cè)。從該分析中,也檢測(cè)到了KIF5b外顯子15_RET外顯子12融合。從該分析中獲得了中等信號(hào)強(qiáng)度的融合變異(1,335個(gè)總測(cè)序讀數(shù)中的70個(gè)融合邊界陽(yáng)性讀數(shù))。肺癌緊湊面板檢測(cè)按照先前描述的方案進(jìn)行。肺癌緊湊面板對(duì)RET融合的檢測(cè)限度不超過(guò)1%的突變等位基因頻率。

(責(zé)任編輯:佳學(xué)基因)
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